Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000845`

染色体: Chr05 坐标: 6676414-6679540 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000845`
名称	SmilChr05G000845
描述	protein RTF1 homolog
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	6676414 - 6679540 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985556`
GeneID	`130985556`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985556`
原始查询	`LOC130985556`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein RTF1 homolog
产物	protein RTF1 homolog
Arabidopsis	`AT1G61040` (VIP5) plus-3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842395] identity=59; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0535900` - identity=53.6; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0016593 (Cdc73/Paf1 complex); GO:1990269 (RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding)
KEGG	-
Pfam	PF03126 (Plus-3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985556

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764567.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057764567.1`
3	Nuclear speckle	核斑点	0.20000	`XP_057764567.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764567.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764567.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:6676868`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr5:6676869`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B36,B37,C46
`Chr5:6677200`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr5:6677691`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C73,D11,D6
`Chr5:6677959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,B9,C26
`Chr5:6678443`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764567.1

631 aa

316

631

Plus-3

PF03126 Plus-3 245-350 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764567.1`	Pfam	`PF03126`	Plus-3	Domain	245	350	6.2e-31	107.9	Plus-3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908584.1
AAAAAATCAAAGACCACGCCTTATGAAAATAAACGAGTTCTCGCACTCTAGAAGACTAGAACTCATGGACGGCTCCGATCCATTATTCCTATCCAATGGCTCATCTTCTTTGTGTCTTTGACTTCCCTCTTTGCTTCTAACCTAGACACCCATCCGTCTCAAAAAACAAACCTCGACACCCATCATATTCTTTTATACTTCTTGAGCCCTAATTCCCCTTCTGCCTCGTCTGCATCTTCAATTCCAGAGTTTGGGGACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985556
ATGGCGGACTTGGAGAAACTGCTCCTTGAGGCAGCAGGAAGGACAAGTACTCCTGGAAGGAACAGGCATTCATCTCCGCCATCGAGGCGGAGGCGAAAAGGTTCATATTCTGACGACGGAAGTGACTCAAAAAATGATGATTCAGATGGTGATCGTGGTTATTCGAATAGAAAGCCATCAGGTTCGCAGGTGCCTCTAAAGAAGAGGTTGGACCCTGCAGATAGAGATGATGACCGTAGTAGTCAAGAAGGTGATGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764567.1
MADLEKLLLEAAGRTSTPGRNRHSSPPSRRRRKGSYSDDGSDSKNDDSDGDRGYSNRKPSGSQVPLKKRLDPADRDDDRSSQEGDEEDDDRDHDSDNDSVGSDLYKNEDDREKLSQLTELEREMILEARATKRSDRDLTEKLKKRKGQDRKGSPPKAATRSMRSKAQRAGALDELVKRRRESAKGSGSRYSPVKRRSFTAATLSSPSRSESGSRSDEGDSTGDGGLADSDDDKISSESKVPTFEDIKEITIRRSKLAKWF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器