Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000847`

染色体: Chr05 坐标: 6686710-6688112 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000847`
名称	SmilChr05G000847
描述	uncharacterized SmilChr05G000847
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	6686710 - 6688112 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985557`
GeneID	`130985557`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985557`
原始查询	`LOC130985557`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os10g0498200; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os10g0498200; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G51000` (AT3G51000) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824264] identity=37; qcov=1; evalue=3.82e-71; confidence=medium
Rice	`Os10g0498200` - identity=60.4; qcov=0.994; evalue=4.91e-136; confidence=high
GO	GO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00561 (Abhydrolase_1); PF12146 (Hydrolase_4); PF12697 (Abhydrolase_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985557

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057764568.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057764568.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764568.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764568.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764568.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:6686897`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,C13,C41
`Chr5:6686939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,B73,B94
`Chr5:6687339`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B121,B4,B54,C59
`Chr5:6687638`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B90,B92,C21
`Chr5:6687638`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B90,B92,C21
`Chr5:6687756`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B109,B37,C46
`Chr5:6687859`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764568.1

315 aa

158

315

Hydrolase_4

Abhydrolase_1

Abhydrolase_6

PF12146 Hydrolase_4 26-127 aa PF00561 Abhydrolase_1 27-295 aa PF12697 Abhydrolase_6 29-297 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764568.1`	Pfam	`PF12146`	Hydrolase_4	Domain	26	127	6.4e-12	46.0	Serine aminopeptidase, S33
`XP_057764568.1`	Pfam	`PF00561`	Abhydrolase_1	Domain	27	295	2.2e-27	97.0	alpha/beta hydrolase fold
`XP_057764568.1`	Pfam	`PF12697`	Abhydrolase_6	Domain	29	297	6e-16	60.5	Alpha/beta hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908585.1
CCCATCGGGGTCATTTCTATGTACGACAAAACATTACACAAGATTCCCGGTCTCGGCAAGTGCATTGGGTTATAAATTAGTTTTTGGTAAATCCCATTTCCCTCAAAATGGATCAAATCCAGCATAAGTTCGTACAAGTCAACGGTCTGAAGATCCACGCGGCGGAGATCGGCGGAGAGTCGTCTCCGGCAGTGGTGTTCCTGCACGGTTTCCCGGAAATATGGTACTCGTGGCGGCACCAGATGATCGCCGTGACGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985557
ATGGATCAAATCCAGCATAAGTTCGTACAAGTCAACGGTCTGAAGATCCACGCGGCGGAGATCGGCGGAGAGTCGTCTCCGGCAGTGGTGTTCCTGCACGGTTTCCCGGAAATATGGTACTCGTGGCGGCACCAGATGATCGCCGTGACGGAGGCCGGGTTCAGAGCAATTGCTCCCGACTACAGAGGCTACGGCCTCTCCGACCCGCCGCCCCAACCCGACAAAGCCTCCTACAAGGACTTGTTGGCCGATCTTCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764568.1
MDQIQHKFVQVNGLKIHAAEIGGESSPAVVFLHGFPEIWYSWRHQMIAVTEAGFRAIAPDYRGYGLSDPPPQPDKASYKDLLADLLSLLDALAVQKAFLIGKDFGARVAYLFALLHPERVCGVITIGIPYLPPTPVSFTDHLPEGFYIARWQKPGRAEADFGRLDNKTVVRNIYILFSRSEIPIAHEKQEIMDIVDSDTPLPPWFSQEDLANYASLYDNSGFQTALKLPYRSMSETFDIRNDKVEVPALFIMGEKDYFLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器