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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000851`

染色体: Chr05 坐标: 6711889-6720735 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000851`
名称	SmilChr05G000851
描述	RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 1
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	6711889 - 6720735 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985563`
GeneID	`130985563`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985563`
原始查询	`LOC130985563`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 1
产物	RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 1
Arabidopsis	`AT4G21670` (CPL1) C-terminal domain phosphatase-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828254] identity=58.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0639000` (LMS) - identity=55.2; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0008420 (RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity)
KEGG	-
Pfam	PF03031 (NIF); PF28898 (SPOC_CPL1_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985563

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057764575.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057764575.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057764575.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057764575.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.40000	`XP_057764576.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:6712423`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	101	A1,A13,A18,A19,A20,A21,A23,A3,A4,A6,A7,A8,B1,B109,B11,B117,B119,B12,B127,B130,B131,B135,B137,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B21,B22,B23,B28,B30,B31,B35,B40,B42,B43,B46,B47,B49,B55,B59,B62,B63,B64,B66,B69,B7,B73,B75,B78,B80,B81,B83,B84,B85,B87,B88,B91,B94,B95,B97,C11,C12,C13,C19,C20,C21,C22,C28,C29,C30,C31,C32,C35,C37,C38,C4,C41,C44,C46,C47,C49,C51,C52,C57,C68,C69,C70,C71,C74,C80,C83,D3,D4,D7,D8,D9
`Chr5:6712562`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B119,B13,C25,C30,D4
`Chr5:6712565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,C73,D6
`Chr5:6713913`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B12
`Chr5:6713913`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B12
`Chr5:6715321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr5:6716266`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,B9,C26,C27
`Chr5:6716284`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr5:6716301`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B100,B111,C36,C43
`Chr5:6718957`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:6719022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr5:6719211`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764575.1

958 aa

479

958

SPOC_CPL1_2

NIF

PF28898 SPOC_CPL1_2 5-122 aa PF03031 NIF 251-355 aa

XP_057764576.1

772 aa

386

772

SPOC_CPL1_2

NIF

PF28898 SPOC_CPL1_2 5-122 aa PF03031 NIF 251-356 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764575.1`	Pfam	`PF28898`	SPOC_CPL1_2	Domain	5	122	3.2e-39	134.5	CPL1/2 SPOC domain
`XP_057764575.1`	Pfam	`PF03031`	NIF	Family	251	355	3.6e-09	37.2	NLI interacting factor-like phosphatase
`XP_057764576.1`	Pfam	`PF28898`	SPOC_CPL1_2	Domain	5	122	2.4e-39	134.9	CPL1/2 SPOC domain
`XP_057764576.1`	Pfam	`PF03031`	NIF	Family	251	356	2.1e-09	38.0	NLI interacting factor-like phosphatase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908592.1
CTGACGGAATAGGGAGAGAATTATCAAATTATAGGTTGACCTATTTTTATTTTATTTTATTTTCTGGATCTAGGGTTTTCTCTTGAATCGTCGTCACGACTCACGTACTCGCACCAATACTGTTATTACAAAATCTCGCCAGATTTATTAACCCTAGCTCTAAATTTAATTTTGGATACTTCAACAAAAGAATCTCGAGAATTCAACCACCGTCGACGACAACGAAATTGCCGCAATCTTGATTTTAAATCCAACTTCTT...

XM_057908593.1
CTGACGGAATAGGGAGAGAATTATCAAATTATAGGTTGACCTATTTTTATTTTATTTTATTTTCTGGATCTAGGGTTTTCTCTTGAATCGTCGTCACGACTCACGTACTCGCACCAATACTGTTATTACAAAATCTCGCCAGATTTATTAACCCTAGCTCTAAATTTAATTTTGGATACTTCAACAAAAGAATCTCGAGAATTCAACCACCGTCGACGACAACGAAATTGCCGCAATCTTGATTTTAAATCCAACTTCTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985563
ATGTATCCGAAAATGGTGCTGATGTATGAAGGTGTGAGGTTGTTGGGAGAGGCTGAGTTGCAGCCGCAGGAGGGCATTGTGTGGGTGCAGAAGCTTAAGGAAATTCGAATTTCTCAGTACACTGCGCCCAGTGAGAGGTGCCCGCCACTCGCCGTGCTTCTCACGATAAACTCCGCCGGACTATGCTTCAAACTGAAATCTACTGTCAATGTGAAGAATCAAGACTCGCCGCTTTCTATTTTGCACGCTAGCTGTCTCAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057764575.1
MYPKMVLMYEGVRLLGEAELQPQEGIVWVQKLKEIRISQYTAPSERCPPLAVLLTINSAGLCFKLKSTVNVKNQDSPLSILHASCLRDNKTAVASIVGGEIHLVAMHSRKDEGQGPCFWGFNIASSIYNSCLVMLNLRCLGIVFDLDETLVVANTMRSFEDRIEALQRKINSESDPQRVSGILAEIKRYHDDKIILKQYAESDQVIDNGKIIKSQSEVVPALSETHQPIVRPLIRLQDRNIILTRINPLIRDTSVLVRLR...

XP_057764576.1
MYPKMVLMYEGVRLLGEAELQPQEGIVWVQKLKEIRISQYTAPSERCPPLAVLLTINSAGLCFKLKSTVNVKNQDSPLSILHASCLRDNKTAVASIVGGEIHLVAMHSRKDEGQGPCFWGFNIASSIYNSCLVMLNLRCLGIVFDLDETLVVANTMRSFEDRIEALQRKINSESDPQRVSGILAEIKRYHDDKIILKQYAESDQVIDNGKIIKSQSEVVPALSETHQPIVRPLIRLQDRNIILTRINPLIRDTSVLVRLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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