Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000853

染色体: Chr05 坐标: 6724527-6729176 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000853
名称SmilChr05G000853
描述cold-responsive protein kinase 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6724527 - 6729176 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985564
GeneID130985564
locus_tag-
NCBI NameLOC130985564
原始查询LOC130985564

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cold-responsive protein kinase 1-like
产物cold-responsive protein kinase 1-like
ArabidopsisAT3G09010 (AT3G09010)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820053]
identity=58; qcov=1; evalue=4.33e-147; confidence=high
RiceOs04g0679200 (OsRLCK172)
-
identity=63.2; qcov=0.946; evalue=3.88e-156; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985564

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057764577.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057764577.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764577.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764577.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764577.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6724877 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C40
Chr5:6724877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr5:6724906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr5:6725025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B20,C62,C80
Chr5:6726163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C36
Chr5:6726815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B121,B20,C62,C80
Chr5:6726823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B20,C62,C80
Chr5:6726877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:6726892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B20,C62,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764577.1
381 aa
N
1
190
381
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 58-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 60-327 aa
XP_057764578.1
373 aa
N
1
186
373
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 50-249 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 52-319 aa
XP_057764580.1
373 aa
N
1
186
373
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 50-249 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 52-319 aa
XP_057764581.1
373 aa
N
1
186
373
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 50-249 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 52-319 aa
XP_057764582.1
373 aa
N
1
186
373
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 50-249 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 52-319 aa
XP_057764583.1
373 aa
N
1
186
373
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 50-249 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 52-319 aa
XP_057764584.1
373 aa
N
1
186
373
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 50-249 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 52-319 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764577.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 58 257 1e-45 156.9 Protein kinase domain
XP_057764577.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 60 327 5.5e-46 157.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057764578.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 50 249 9e-46 157.1 Protein kinase domain
XP_057764578.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 52 319 5.1e-46 157.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057764580.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 50 249 9e-46 157.1 Protein kinase domain
XP_057764580.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 52 319 5.1e-46 157.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057764581.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 50 249 9e-46 157.1 Protein kinase domain
XP_057764581.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 52 319 5.1e-46 157.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057764582.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 50 249 9e-46 157.1 Protein kinase domain
XP_057764582.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 52 319 5.1e-46 157.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057764583.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 50 249 9e-46 157.1 Protein kinase domain
XP_057764583.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 52 319 5.1e-46 157.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057764584.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 50 249 9e-46 157.1 Protein kinase domain
XP_057764584.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 52 319 5.1e-46 157.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908595.1
ATAATAGTTGCTATCAACAATAAAAGTTCCACGCAGTATTGCCCGAGTCTCCGAGAGGTGAGAAGTGAGAACGCGAGACGAATCTATAGCGCGAGCTATGACTTCGGACTCTTCTTCGCTTGTTTTCTCATCCACCACGAATCAACACTTCAAGGACAAGTCGCCAATCCCTCTCCAGCTGATAAGTACCAACGCTCTCTGCGTCAGCTGAATGCGCCGACTAATTTGATTAAGAAAAGCTGGTTTTGGAAGCAATGAAG...
XM_057908597.1
CTATCAACAATAAAAGTTCCACGCAGTATTGCCCGAGTCTCCGAGAGGTGAGAAGTGAGAACGCGAGACGAATCTATAGCGCGAGCTATGACTTCGGACTCTTCTTCGCTTGTTTTCTCATCCACCACGAATCAACACTTCAAGGACAAGTCGCCAATCCCTCTCCAGCTGATAAGTACCAACGCTCTCTGCGTCAGCTGAATGCGCCGACTAATTTATTGAAAGTCACTTGATTTGGATTAGGAGATTATTGCTGCAGG...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130985564
ATGAGTTGTAGCTGCTTTGGGACTTCATCCGTGCTACAGAAGAGGCGTGACAAGCATGCTAATGAGTCCATACAAGCTGAAGAAGGGGTCCCAATTGCGAAGACAAAAAATTTCACCTACAATGTACTGGTAGGAGCAACGAACAACTTTCATCGAAGTAACAAGATAGGAAGAGGAGGCTTTGGTACAGTTTACAAGGGGATTCTCAAAAATGGAAGAGAAGTTGCTGTGAAGGTGCTTTCAGCTGAGTCAAAGCAAGG...
LOC130985564
ATGAGTTGTAGCTGCTTTGGGACTTCATCCGTGCTACAGAAGAGGCGTGACAAGCATGCTAATGAGTCCATACAAGCTGAAGAAGGGGTCCCAATTGCGAAGACAAAAAATTTCACCTACAATGTACTGGTAGGAGCAACGAACAACTTTCATCGAAGTAACAAGATAGGAAGAGGAGGCTTTGGTACAGTTTACAAGGGGATTCTCAAAAATGGAAGAGAAGTTGCTGTGAAGGTGCTTTCAGCTGAGTCAAAGCAAGG...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057764577.1
MVGWAPCFLFCHFSYVFQMHVMVLLFLSYLFVPSCAGVPIAKTKNFTYNVLVGATNNFHRSNKIGRGGFGTVYKGILKNGREVAVKVLSAESKQGEREFMTEIDTISDVKHPNLVELLGCCVYGHNRILVYEYLKNSSIDRALLGFQKSIKLDWEKRSAICMGTARGLAYLHEELVPHIVHRDIKASNILLDENFQPKIGDFGLAKLFPDNITHISTRIAGTTGYLAPEYVLGGQLTLKADVYSFGVLTLEVVSGRSSGN...
XP_057764578.1
MSCSCFGTSSVLQKRRDKHANESIQAEEGVPIAKTKNFTYNVLVGATNNFHRSNKIGRGGFGTVYKGILKNGREVAVKVLSAESKQGEREFMTEIDTISDVKHPNLVELLGCCVYGHNRILVYEYLKNSSIDRALLGFQKSIKLDWEKRSAICMGTARGLAYLHEELVPHIVHRDIKASNILLDENFQPKIGDFGLAKLFPDNITHISTRIAGTTGYLAPEYVLGGQLTLKADVYSFGVLTLEVVSGRSSGNTNYGGGQK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器