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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000857

染色体: Chr05 坐标: 6771295-6774452 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000857
名称SmilChr05G000857
描述uncharacterized SmilChr05G000857
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6771295 - 6774452 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985569
GeneID130985569
locus_tag-
NCBI NameLOC130985569
原始查询LOC130985569

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0731700; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0731700; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G41950 (AT5G41950)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834200]
identity=33; qcov=0.184; evalue=1.09e-06; confidence=weak
RiceOs06g0731700
-
identity=51.5; qcov=0.435; evalue=6.29e-92; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985569

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057764592.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057764592.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057764593.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057764593.1
5 Peroxisome membrane 过氧化物酶体膜 0.20000 XP_057764593.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6771679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B9
Chr5:6771704 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr5:6771741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr5:6772709 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,C61
Chr5:6772799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,D7
Chr5:6772881 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr5:6772884 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr5:6772946 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B121,B27,B4,B54
Chr5:6773055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:6773167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,C13,C41
Chr5:6773276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr5:6773393 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908609.1
AACGTAGGAGTGAAATAAATGATTTATTTCTATTCTGAGAAAGTACTATTTTATCAATATAAAAGCCCTTTACAAGAAGATCAGTTGAGAATGAGGGGGTTGATCAAATGTCCAAGCAAATTCTTCTCCAAATCCCATTATGCAAACCCTAATTTACCAAAAGCCCATTTCCCGTTTTGCCGCCCGCATCTCACCCGCAAATTTCTTTTTTTCACGAATTCGTAAGAACAATGATTTTCTCAGGATTCGCTCCAAAATTG...
XM_057908610.1
ATCAGTTGAGAATGAGGGGGTTGATCAAATGTCCAAGCAAATTCTTCTCCAAATCCCATTATGCAAACCCTAATTTACCAAAAGCCCATTTCCCGTTTTGCCGCCCGCATCTCACCCGCAAATTTCTTTTTTTCACGAATTCGTAAGAACAATGATTTTCTCAGGATTCGCTCCAAAATTGGTTTCAAGACGCTGACTACATGCTCCGCCACATCTCTTCAACCTCCGAGTTACGGTGGCTGGGACGATTTTCCACTCGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985569
ATGCAAACCCTAATTTACCAAAAGCCCATTTCCCGTTTTGCCGCCCGCATCTCACCCGCAAATTTCTTTTTTTCACGAATTCGTAAGAACAATGATTTTCTCAGGATTCGCTCCAAAATTGGTTTCAAGACGCTGACTACATGCTCCGCCACATCTCTTCAACCTCCGAGTTACGGTGGCTGGGACGATTTTCCACTCGCCTCCAACTCATTTGACTCGGGTGAGGTAAATCAGTTCCGTAATCTTCTTAGTTCCTCTGG...
LOC130985569
ATGGTGTTTCCAGCTTGTGCTATTGTATTTGCCGTTGGATTTTCAACTGGATTGGTTAAAGGGGGTCACTTGAACGGATTGAAATTGAATGGGAATAGGAAAAAGATAAGTGATGAATCTTTAAGACGTTGCATTGACGAGTTAAAGCGGAATGATGCAAGGGTTTTGGAGCTAAAGAATGGAATTAGAAGAAGCATTGAACACAATCAAGTTACTCTAAGTGATTTAGAAGGCTATATTGATGTTATAGAATCTGTCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057764592.1
MQTLIYQKPISRFAARISPANFFFSRIRKNNDFLRIRSKIGFKTLTTCSATSLQPPSYGGWDDFPLASNSFDSGEVNQFRNLLSSSGIGDKKYVFVYLFGFICALAISRVKVSWIMVFPACAIVFAVGFSTGLVKGGHLNGLKLNGNRKKISDESLRRCIDELKRNDARVLELKNGIRRSIEHNQVTLSDLEGYIDVIESVDISLRNTISFLENCVQSILGGKQDKEGGFDCESSRKRKKSGENWLNFSRYFNGVFGAKL...
XP_057764593.1
MVFPACAIVFAVGFSTGLVKGGHLNGLKLNGNRKKISDESLRRCIDELKRNDARVLELKNGIRRSIEHNQVTLSDLEGYIDVIESVDISLRNTISFLENCVQSILGGKQDKEGGFDCESSRKRKKSGENWLNFSRYFNGVFGAKLDDPKSSKIRGFNKMDFMDAAMNDEKLENILASPAKERNPTFAFGGSLENMSASMFDNHFDSSSRAQESVGNYVDETGMEYMTFENEKKKNFIQTNNTAKAVFDQTIYTYQNKTSR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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