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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000868

染色体: Chr05 坐标: 6874645-6877135 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000868
名称SmilChr05G000868
描述uncharacterized SmilChr05G000868
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6874645 - 6877135 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985579
GeneID130985579
locus_tag-
NCBI NameLOC130985579
原始查询LOC130985579

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os07g0506000; species=rice; confidence=high
产物hit=Os07g0506000; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT1G11200 (AT1G11200)
organic solute transporter ostalpha protein (DUF300) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837661]
identity=61.8; qcov=0.993; evalue=5.77e-146; confidence=high
RiceOs07g0506000
-
identity=64.8; qcov=1; evalue=1.02e-148; confidence=high
GOGO:0005215 (transporter activity); GO:0006810 (transport)
KEGG-
PfamPF03619 (Solute_trans_a)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985579

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057764608.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057764608.1
3 Endosome 内体 0.40000 XP_057764608.1
4 Endosome membrane 内体膜 0.40000 XP_057764608.1
5 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057764608.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6874945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr5:6875017 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr5:6875226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr5:6875577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,C38
Chr5:6875657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C61,C73,D6
Chr5:6875667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,C13,C70,C83,C84
Chr5:6875687 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:6875689 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:6876849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C73,D6
Chr5:6876935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B134,B47,C5,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764608.1
295 aa
N
1
148
295
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 14-280 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764608.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 14 280 3.9e-71 240.2 Organic solute transporter Ostalpha

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908625.1
GTGCGCGAAAAAACAAAATTCTTCTCAATCTGCCTTTACTCAGTTCTTCGATTTTTACTTCCTCCACTACTATCCGTCATCAATCCTAGCAATCACTGTGATTTATACAGAAGAATCAGATTCAAGTTGCAGAGAAACATGGATTTCGCAAACATGGATCGGCGGCAGCTGACATTAGCCGGCGCCGGATTCTCGGTGATGCTAAGTCTGCACTATAGTTTTCAGCTGGTATCGCAGCATCTGTTTTACTGGAAGAATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985579
ATGGATTTCGCAAACATGGATCGGCGGCAGCTGACATTAGCCGGCGCCGGATTCTCGGTGATGCTAAGTCTGCACTATAGTTTTCAGCTGGTATCGCAGCATCTGTTTTACTGGAAGAATCCCAAGGAGCAGAGAGCCATACTCATAATCCTACTCTTGCCGCCGGTTTACGCCGTTACCTCGTTTTTTGGATTTATCGATCGGGCCGGCAGCAAACCTTTTTTTATGCTATTGGACTCTGTGAAAGAATGCTACGGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764608.1
MDFANMDRRQLTLAGAGFSVMLSLHYSFQLVSQHLFYWKNPKEQRAILIILLLPPVYAVTSFFGFIDRAGSKPFFMLLDSVKECYGALAIAAFLGLMYSYSNLSMSRNVVPDEIKGREIHLSFPMNLFLPRKTHLNQQTLRLVKNLTWQFVIIRPVCSVLMMALQVIGMYPSWLSWAFTILLNLSILLAVYALLVFYHVFAKELKPHEPLSKFICIKGIVFFSFWQGVLLHILVAMGILQSHHFWLETEHVGEAMQKVLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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