Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000871`

染色体: Chr05 坐标: 6896755-6900763 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000871`
名称	SmilChr05G000871
描述	uncharacterized SmilChr05G000871
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	6896755 - 6900763 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985584`
GeneID	`130985584`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985584`
原始查询	`LOC130985584`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AT-hook motif nuclear-localized protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826816]; symbol=AHL1; hit=AT4G12080; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	AT-hook motif nuclear-localized protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826816]; symbol=AHL1; hit=AT4G12080; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT4G12080` (AHL1) AT-hook motif nuclear-localized protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826816] identity=72; qcov=0.278; evalue=1.67e-06; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985584

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764613.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057764612.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764612.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764612.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764612.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:6897395`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A1
`Chr5:6897395`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A1
`Chr5:6897412`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,B59
`Chr5:6897413`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B1,B91,C75
`Chr5:6897418`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B1,B91,C75
`Chr5:6897428`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B1,B91,C75
`Chr5:6897439`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr5:6897444`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A24,A6,B125,B22,B34,B49,B62,C23,C3,C31,C76
`Chr5:6897616`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C1,C41
`Chr5:6897659`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	177	A11,A13,A14,A15,A16,A18,A20,A22,A23,A24,A3,A4,A5,A6,A8,A9,B10,B100,B101,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B118,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B129,B131,B132,B133,B134,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B24,B25,B26,B27,B3,B31,B32,B33,B34,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B53,B54,B55,B57,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B68,B72,B73,B75,B77,B78,B79,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,B99,C1,C13,C14,C15,C19,C22,C23,C24,C27,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C37,C4,C41,C42,C43,C45,C46,C48,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C70,C71,C73,C75,C76,C77,C78,C8,C82,C83,C84,C85,C86,D10,D2,D3,D6
`Chr5:6897675`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B63,B83,C46
`Chr5:6897882`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B124,B49,B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

40 records

下载 cDNA FASTA

XR_009089024.1
AATCAATATATAATACGATTAAGGATTCCTGCGCTCTCCTTAATTCGGGGTCCTACGTGGCATATCTAAGAATTCACCATTCAAAATCCCTGCAATTCTAGAGCTTCTAGCTTTAAAATTTAAATCCTATGTGGCAAAATAATTCCACATGTGATAATTTATTTTTAAAACCTAATATTTCATTTTCATTTTTCATTTAATATCTTTAATTCCTCCATCTCCATTCAATCCAAAATCCGAAGAAAAAAAACACCATAAAT...

XR_009089021.1
ATAATTTATTTTTAAAACCTAATATTTCATTTTCATTTTTCATTTAATATCTTTAATTCCTCCATCTCCATTCAATCCAAAATCCGAAGAAAAAAAACACCATAAATCTGCAAATCTCACCCTCACCGCCACCGCCGTCTTCGCCGCGCCGGCCACCACCTTCGCCGCCGCCATCTGCCATCTGCCCTCTATTTCCCTCCCTCCCAATATGGTTTATATATTTGATATCCTTAATTCCTCCACCTCCTTAATTCTTCAAC...

CDS

16 records

下载 CDS FASTA

LOC130985584
ATGACCAGTCGCCCCACCACCAGAAATCTGCAACTCTCACCGCTGCGCCGGCCACCGCCTTCGCCATCGCCGCCGCGATCTGCCGTGATTCTTGCTACACAGCCATGGTCGTCTTTTTACAGCCACGCAAGGTCTCTTTCTTTCTTCTTTTGCTGCTCTTTTTCTATCCCGCTGGAGCTTTGTGGTTTCCACTCTTCGGTCTGGTTCAAAGTGAATGGGTTTCATGTTCGGTTGGTGCTAATTTTACGCCTCATATCATC...

Protein

16 records

下载 Protein FASTA

XP_057764612.1
MTSRPTTRNLQLSPLRRPPPSPSPPRSAVILATQPWTLDLFELCSRMLDLFKESLLLRLSNRPVQAHSRGKFGLYSLVVDSVVDDGDRKGLILKLKNGLFQEIQGNSSYSFSTIQKKKQFSFTQNAN

XP_057764613.1
MTSRPTTRNLQLSPLRRPPPSPSPPRSAVILATQPWSSFYSHARSLSFFFCCSFSIPLELCGFHSSVWFKVNGFHVRLVLILRLISSRSMLERCDWMPLKYSIMCASIVKIYSAVCL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器