当前解析结果
SmilChr05G000905| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000905 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000905 |
| 描述 | probable disease resistance protein At4g19060 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 7167526 - 7169075 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985618 |
|---|---|
| GeneID | 130985618 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985618 |
| 原始查询 | LOC130985618 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable disease resistance protein At4g19060 |
| 产物 | probable disease resistance protein At4g19060 |
| Arabidopsis | AT4G19060 (AT4G19060)P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827644] identity=31.1; qcov=0.755; evalue=2.25e-19; confidence=low |
| Rice | Os01g0798900- identity=28.1; qcov=0.919; evalue=1.08e-21; confidence=low |
| GO | GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00931 (NB-ARC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985618 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057764670.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057764670.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764670.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764670.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764670.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:7168125 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B125,B77 |
Chr5:7168338 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B60,C9 |
Chr5:7168395 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A4,B38,C20,D4 |
Chr5:7168600 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B31,B57,C64,C66 |
Chr5:7168650 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,B137,B93,C42 |
Chr5:7168793 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,B37,B97 |
Chr5:7168807 |
ATG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 43 | A14,A23,A7,A9,B10,B103,B105,B107,B122,B16,B20,B29,B48,B49,B53,B61,B67,B69,B7,B72,B90,B92,C13,C21,C24,C30,C35,C40,C43,C44,C49,C52,C57,C58,C6,C60,C70,C74,C78,C83,C84,C85,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764670.1PF00931
NB-ARC 145-325 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764670.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 145 | 325 | 5.7e-19 | 69.0 | NB-ARC domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。