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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002670

染色体: Chr01 坐标: 44914533-44918072 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002670
名称SmilChr01G002670
描述uncharacterized SmilChr01G002670
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向44914533 - 44918072 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985638
GeneID130985638
locus_tag-
NCBI NameLOC130985638
原始查询LOC130985638

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os09g0480300; species=rice; confidence=low
产物hit=Os09g0480300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs09g0480300
-
identity=32.3; qcov=0.634; evalue=3.98e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985638

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764695.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764695.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764695.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764695.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057764695.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:44917025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:44917124 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 118 A10,A18,A19,A20,A22,A24,A3,A5,A6,A7,B1,B100,B101,B102,B107,B108,B112,B118,B12,B121,B123,B125,B127,B13,B132,B133,B134,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B18,B2,B21,B24,B27,B28,B3,B30,B31,B33,B35,B37,B42,B43,B45,B47,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B6,B66,B68,B7,B71,B72,B73,B76,B8,B80,B83,B86,B87,B9,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C14,C17,C19,C2,C23,C25,C27,C31,C32,C34,C36,C42,C44,C45,C48,C49,C54,C55,C58,C61,C67,C68,C7,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C78,C79,C8,C81,C83,C84,C85,C86,C87,D1,D11,D6,D7
Chr1:44917210 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 61 A13,A2,A20,A7,A9,B107,B109,B11,B115,B117,B12,B14,B18,B22,B23,B25,B26,B27,B29,B36,B4,B40,B41,B48,B54,B58,B61,B62,B67,B70,B74,B75,B77,B79,B81,B84,B88,B93,B97,C11,C26,C28,C29,C35,C37,C38,C44,C46,C5,C50,C52,C53,C58,C62,C65,C69,C72,C80,C82,D4,D8
Chr1:44917280 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B13,B135,B48,B9,C14,C15,C8,D2
Chr1:44917478 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 15 A15,A5,B10,B105,B123,B39,B50,B59,B8,C21,C3,C30,C56,C70,C75
Chr1:44917482 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 14 A15,A5,B10,B105,B123,B39,B50,B59,B8,C21,C3,C30,C70,C75
Chr1:44917533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr1:44917649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr1:44917701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:44917724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr1:44917727 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 48 A21,A23,A24,A3,A4,A7,B105,B11,B111,B113,B114,B119,B132,B22,B25,B26,B30,B41,B44,B46,B49,B64,B66,B72,B77,B85,B91,B94,C13,C16,C18,C32,C33,C37,C38,C4,C48,C57,C6,C60,C68,C73,C76,C77,C82,C83,D10,D3
Chr1:44917731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908712.1
AGTATATTTTAGAGGCGACGAACAAGATGAAAACGAAGACCCTCCTGTAATCGATCAAATTGCGATTAATGTAAGTAGTAAATATTTGTTTTTTGGTGGGAAAAACTTTTTTTTTGCAGGCATGCAAAGTTTATTTAGGATTTGAGAATTTTCGGGTGTCTGATTTATTTTGGAACATTTTTGTGTTTTCTTCTTCTCCTTTTATTCTTGATTGTGAACTCGTTTGTGTCTTGGCTTCTTCTCTGTGTTGCAGCATGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985638
ATGCCTTGTTGCCATGCACTTGTTGCATTCTATTACTCAAAGATGGATCCTATGAGTATTATGTCACAGTGGTACCACAAGACATGCTTCATGAAATGCTACGAGCACTCAATCCAACTTGTTCCAAGAAGAAAGTTTTGGAAAGTCAAGGAATCTGATGCAGTGGAGCCTCCTCCAGTGGACAAGAAAATAGGCAAACCCCAAAAAATGAGAGTGAGCGCTCCTAATGAACTGAGAAGAAGCCACAAATTATCAAGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764695.1
MPCCHALVAFYYSKMDPMSIMSQWYHKTCFMKCYEHSIQLVPRRKFWKVKESDAVEPPPVDKKIGKPQKMRVSAPNELRRSHKLSRKGQKQHCSICKSESHKKNDCPQRPTQVTQDTQASTSSHPTKLKTRRGSKGIGLYINPESGRTVLNPGMSQTVVIDEGTPRDTDLNTRFPIPNERELRKEKRKQIPTKGEGETSNARRMA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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