Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000936

染色体: Chr05 坐标: 7505021-7507782 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000936
名称SmilChr05G000936
描述uncharacterized SmilChr05G000936
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向7505021 - 7507782 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985652
GeneID130985652
locus_tag-
NCBI NameLOC130985652
原始查询LOC130985652

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767434]; symbol=AT1G51172; hit=AT1G51172; species=arabidopsis; confidence=weak
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767434]; symbol=AT1G51172; hit=AT1G51172; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT1G51172 (AT1G51172)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767434]
identity=22; qcov=0.68; evalue=3.26e-10; confidence=weak
RiceOs02g0307900
-
identity=23.7; qcov=0.355; evalue=1.94e-08; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985652

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764708.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057764708.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764708.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764708.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764708.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:7505030 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 15 A19,A9,B109,B117,B123,B126,B74,B83,B93,C39,C4,C57,C79,C82,C85
Chr5:7505035 A AAC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B75
Chr5:7505035 A AAC 2bp_insertion CDS_variant 1 B75
Chr5:7505040 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 11 A19,B109,B123,B126,B74,B83,C4,C57,C79,C82,C85
Chr5:7505041 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 11 A19,B109,B123,B126,B74,B83,C4,C57,C79,C82,C85
Chr5:7505057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,A5,B84
Chr5:7505086 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B10
Chr5:7505089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B73,B75,C18,C2
Chr5:7505094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr5:7505095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr5:7505096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B107,B35,B77,C84
Chr5:7505098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B134,B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908725.1
GGAAGGGATGGCAGGGTAGTCCGGGATGGAAGGGATGTCATGGATGCCTTGTCACCCCATTTCGCATAATTGGAGTATAGCACTTGGTGCATCCGGGTAGTCCTGGATGTACTAGATGAAATTTGGAGTGTAGTATCTGGTGCATCCGGGTAGTCCTGGATGTACTGGATGAAATTTCATACATGCTCTGGGCAATTAACATAGCGTTAATATGCTCATATCCTGGATGTCCTGGACGTCCTGGGTGCTCTGGATGGCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985652
ATGTCGCAAAGTCGGGGATGGTCGACAGCGTCTGCTAGCGGAATGTATAATTTAGTGGATGAAGGGGGGGATGACGATATAGAAGTTCCGTCGGGTATCCCCAGTGGTCGGATGAGACGAAGTAGCTCTGTTTGTCAGGGGACGTCTGGAGGCTCGGGCCTCGGGGTTGATAGTGAGGGACCTATATTGAATGCTATTCCTATGGCTTCGTTTCTTAGCATTGAGAATCCGACATCGGACATAAATCGGGCTGGTCTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764708.1
MSQSRGWSTASASGMYNLVDEGGDDDIEVPSGIPSGRMRRSSSVCQGTSGGSGLGVDSEGPILNAIPMASFLSIENPTSDINRAGLVRRIRRKYMIPDWVTLHAPDATLLANYYVENMVCLYEFIFVQGSRLPLPRLVLELCDYHHLSPGQLMPNAWRLLLCIQVFAELHNFDVNVYDVLYSYAVNEHRSTGRFCMKVRPNKDALIASLGDGEKNWASKYIFVNYDSLGVPADMSIPSAWSDGSRVKQDPPVSLGLAERA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器