Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001065`

染色体: Chr05 坐标: 8798879-8803417 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001065`
名称	SmilChr05G001065
描述	polyadenylate-binding protein RBP45
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	8798879 - 8803417 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985752`
GeneID	`130985752`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985752`
原始查询	`LOC130985752`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polyadenylate-binding protein RBP45
产物	polyadenylate-binding protein RBP45
Arabidopsis	`AT1G11650` (RBP45B) RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837708] identity=64; qcov=0.885; evalue=4.01e-159; confidence=high
Rice	`Os03g0569900` - identity=67.2; qcov=0.787; evalue=2.18e-160; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005829 (cytosol)
KEGG	-
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF13893 (RRM_5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985752

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764845.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057764845.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057764845.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057764845.1`
5	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057764846.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:8799140`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:8799207`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr5:8799306`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr5:8799837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B22,B27,B91,C58,D11
`Chr5:8799926`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,C20,D4
`Chr5:8799939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B121,B130,B136,B35
`Chr5:8799978`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,D8
`Chr5:8799987`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,B39,B55,C20
`Chr5:8800038`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr5:8800113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:8802215`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B21,B31,B47,B59,C56,C72
`Chr5:8802396`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764845.1

421 aa

210

421

RRM_1

RRM_5

RRM_1

PF00076 RRM_1 87-150 aa PF00076 RRM_1 179-248 aa PF13893 RRM_5 275-354 aa PF00076 RRM_1 285-349 aa

XP_057764846.1

418 aa

209

418

RRM_1

RRM_5

RRM_1

PF00076 RRM_1 87-150 aa PF00076 RRM_1 179-248 aa PF13893 RRM_5 275-354 aa PF00076 RRM_1 285-349 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764845.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	87	150	1.4e-48	163.3	RNA recognition motif
`XP_057764845.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	179	248	1.4e-48	163.3	RNA recognition motif
`XP_057764845.1`	Pfam	`PF13893`	RRM_5	Domain	275	354	6e-08	33.2	RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
`XP_057764845.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	285	349	1.4e-48	163.3	RNA recognition motif
`XP_057764846.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	87	150	1.3e-48	163.4	RNA recognition motif
`XP_057764846.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	179	248	1.3e-48	163.4	RNA recognition motif
`XP_057764846.1`	Pfam	`PF13893`	RRM_5	Domain	275	354	5.8e-08	33.2	RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)
`XP_057764846.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	285	349	1.3e-48	163.4	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908863.1
CGTCCACCGCACCTTTAAAATCTCTATATCGCCTCCTGCCTTTGTCTTCTCTTTTCTCTCCCTCTCCCATCATCCTCCAAATTTCCAAATTACCCTAATTAGGGTTCCTCTCTCATCGCTCATCTCCCCCGCGATCTAATCTAGGGCTACGACGATGATGCAGCCGGCTAACTCCATGGTCCCCCCTCCCATGGCCCCGCCGCCGCAATACCAGCAACAACCACCGCAACAGCCATCTCAGCAGTGGATACCGCAGTACC...

XM_057908862.1
CTCTATATCGCCTCCTGCCTTTGTCTTCTCTTTTCTCTCCCTCTCCCATCATCCTCCAAATTTCCAAATTACCCTAATTAGGGTTCCTCTCTCATCGCTCATCTCCCCCGCGATCTAATCTAGGGCTACGACGATGATGCAGCCGGCTAACTCCATGGTCCCCCCTCCCATGGCCCCGCCGCCGCAATACCAGCAACAACCACCGCAACAGCCATCTCAGCAGTGGATACCGCAGTACCAGGTTCCTCCGCCGCAGCAAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985752
ATGATGCAGCCGGCTAACTCCATGGTCCCCCCTCCCATGGCCCCGCCGCCGCAATACCAGCAACAACCACCGCAACAGCCATCTCAGCAGTGGATACCGCAGTACCAGGTTCCTCCGCCGCAGCAACCTCCTGCCGCGGGGTACTACTATCAGCAGCCTCAGGCTCAGACGGCTGCTGTTCCGCCGCAACAGCCGCAGCAGTACGCCGCTGGGCCGACGGCTCAGCCTCAGGCCATTGTGGATGATGGAATTCGAAGTCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057764845.1
MMQPANSMVPPPMAPPPQYQQQPPQQPSQQWIPQYQVPPPQQPPAAGYYYQQPQAQTAAVPPQQPQQYAAGPTAQPQAIVDDGIRSLWIGDLQYWMDEQYLYSCFATAGEVVSAKVIRNKQTGQSEGYGFIEFASHAAAERNLQTHNGNLMPNVEQTFRLNWASMGAGEKRDDAPEYTVFVGDLAADVTDYMLQETFRANYPSVKGAKVVTDRVTARTKGYGFVRFGDESEQMRAMTEMNGRFCSTRPMRIGPAANKQKV...

XP_057764846.1
MMQPANSMVPPPMAPPPQYQQQPPQQPSQQWIPQYQVPPPQQPPAAGYYYQQPQAQTAAVPPQQPQQYAAGPTAQPQAIVDDGIRSLWIGDLQYWMDEQYLYSCFATAGEVVSAKVIRNKQTGQSEGYGFIEFASHAAAERNLQTHNGNLMPNVEQTFRLNWASMGAGEKRDDAPEYTVFVGDLAADVTDYMLQETFRANYPSVKGAKVVTDRVTARTKGYGFVRFGDESEQMRAMTEMNGRFCSTRPMRIGPAANKQKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器