Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001056`

染色体: Chr05 坐标: 8744667-8749253 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001056`
名称	SmilChr05G001056
描述	cardiolipin synthase (CMP-forming), mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	8744667 - 8749253 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985764`
GeneID	`130985764`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985764`
原始查询	`LOC130985764`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cardiolipin synthase (CMP-forming), mitochondrial
产物	cardiolipin synthase (CMP-forming)%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT4G04870` (CLS) cardiolipin synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825825] identity=52.6; qcov=1; evalue=7.2e-112; confidence=high
Rice	`Os01g0789100` - identity=52.2; qcov=0.977; evalue=9.31e-93; confidence=high
GO	GO:0005739 (mitochondrion); GO:0008808 (cardiolipin synthase activity); GO:0016020 (membrane); GO:0032049 (cardiolipin biosynthetic process)
KEGG	smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01066 (CDP-OH_P_transf)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985764

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057764866.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057764866.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057764866.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764866.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764866.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:8745359`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B74,C61
`Chr5:8745399`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr5:8745415`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,C20,C5,D4
`Chr5:8745418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,B35,B82,C32,C68
`Chr5:8745476`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,C13
`Chr5:8745482`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B15,B35,B99
`Chr5:8745507`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,B35
`Chr5:8745508`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B15,B35
`Chr5:8745524`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B110,B5
`Chr5:8745541`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr5:8745550`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B15,B35
`Chr5:8745691`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B111,B23,B49,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764866.1

347 aa

174

347

CDP-OH_P_transf

PF01066 CDP-OH_P_transf 148-319 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764866.1`	Pfam	`PF01066`	CDP-OH_P_transf	Family	148	319	2.6e-25	90.3	CDP-alcohol phosphatidyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908883.1
CCTTCTCTCTCAGACTCTCGCACGGCACAAATCGCTGGCACTGCTCTCTCTCGACTCGCCGTACACACCATCATCTCCCTCGCCAACAGAAACCCTCATTCACCAATTCCGGCGACATCCGCCATTTAAAGTCGCGCTCCACTGCTCTGCTCTGTTTCTCCCCACTGATTTCGCCACCTTGCTCTCCTTTCCGTTTTCAAGTAGATTCAAAAAAAGAACAAGCAGCGAACGAGTCAAACACGTGCAACAGCCTGGCCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985764
ATGGCCATCTTCAGATCACTCAAAGCCCTAATTTCTCAATCTTCGAGGAAACTATCCAATCCCGATCCTTCTAGAACGTTCTTCTCCCTCTCTCTCGCCTCCGCTTCCCCAATTTCATCTCCATATTCGTTGCCCACTAACGGTTACATCCGCCGCCACTTTCTGTTTCGGTCGAGGTTACTCTTTCCGGTGAGGGGGCCTCTCTTCCTCTTCAATCCTCCGTGGAAGCTCTCCCAGTCCTCCACCCCTCTCCTCTTACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764866.1
MAIFRSLKALISQSSRKLSNPDPSRTFFSLSLASASPISSPYSLPTNGYIRRHFLFRSRLLFPVRGPLFLFNPPWKLSQSSTPLLLQSDIVLNFLKLRAINLLHQPAFRYNLGHNSPRLFNENLNEEFRKVAEVGASSGDDAIRDSYLNLPNFISFSRMLSGPLLGWMIVHDMYSYAFVGLAVSGATDWLDGYVARKMRINSVVGSYLDPLADKVLIVSVALAMVDKGLLHPGLVGLVVLRDIALVTGAAYIRASSLNWK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器