Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001052`

染色体: Chr05 坐标: 8717353-8718455 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001052`
名称	SmilChr05G001052
描述	uncharacterized SmilChr05G001052
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	8717353 - 8718455 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985765`
GeneID	`130985765`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985765`
原始查询	`LOC130985765`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0658400; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os06g0658400; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G33406` (AT5G33406) hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833333] identity=29.9; qcov=0.835; evalue=4.92e-23; confidence=low
Rice	`Os06g0658400` - identity=56.4; qcov=0.996; evalue=1.34e-93; confidence=high
GO	GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF05699 (Dimer_Tnp_hAT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985765

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764867.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764867.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764867.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764867.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057764867.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:8717450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr5:8717479`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,C4
`Chr5:8717586`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B106
`Chr5:8717595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr5:8717707`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	16	A16,B10,B117,B123,B131,B20,B33,B94,C11,C24,C4,C44,C62,C74,C82,C84
`Chr5:8717771`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	14	A20,A23,B102,B111,B18,B27,B87,B90,B92,C35,C38,C47,C51,D2
`Chr5:8717774`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	14	A20,A23,B102,B111,B18,B27,B87,B90,B92,C35,C38,C47,C51,D2
`Chr5:8717809`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B87,C85
`Chr5:8717809`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B87,C85
`Chr5:8717854`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:8717905`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,C3
`Chr5:8718068`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764867.1

260 aa

130

260

Dimer_Tnp_hAT

PF05699 Dimer_Tnp_hAT 129-208 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764867.1`	Pfam	`PF05699`	Dimer_Tnp_hAT	Domain	129	208	1.8e-12	47.6	hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908884.1
ATAAGGTTGATTACATACTTTCTTTTACGGCTCCTATATATGACATGCTTCGAGCATGTGACACCGATAAGCCGTGTCTTCACTTGGTCTACGACTTGTGGGATACAATGATAGAAAAAGTGAAGGCTGCAATATACAAGCATGAAAGAATCCAAGCTCAAGATTCATCTCCTTTCTATGAAGTGGTCCATACCATCTTGGTAAGTCGATGGAACAAAAACAACACCCCTCTCCACTGTTTGGCCCATTCCCTAAATCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985765
ATGCTTCGAGCATGTGACACCGATAAGCCGTGTCTTCACTTGGTCTACGACTTGTGGGATACAATGATAGAAAAAGTGAAGGCTGCAATATACAAGCATGAAAGAATCCAAGCTCAAGATTCATCTCCTTTCTATGAAGTGGTCCATACCATCTTGGTAAGTCGATGGAACAAAAACAACACCCCTCTCCACTGTTTGGCCCATTCCCTAAATCCAAGATATTATAGTGATCAGTGGCTTTCAGAAGACACCTCTCGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764867.1
MLRACDTDKPCLHLVYDLWDTMIEKVKAAIYKHERIQAQDSSPFYEVVHTILVSRWNKNNTPLHCLAHSLNPRYYSDQWLSEDTSRVPPHRDNEVAKERQKCLKKYFPDIAQRMIVIREFANFSSMADDFADSDSIEQRYELDPKSWWVTYGPSAPILQSLALKLLVQPSSSSCAERNWSTYSFIHSLRRNKLAPQRAEDLVYIHSNLRLLSRRTLEYSKGETKLWDIGGDNFGTLQDVGDLEIAELSLDEPELESVVFT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器