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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001060

染色体: Chr05 坐标: 8762514-8766328 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001060
名称SmilChr05G001060
描述derlin-2.2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向8762514 - 8766328 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985766
GeneID130985766
locus_tag-
NCBI NameLOC130985766
原始查询LOC130985766

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述derlin-2.2
产物derlin-2.2
ArabidopsisAT4G04860 (DER2.2)
DERLIN-2.2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825823]
identity=86.7; qcov=0.984; evalue=1.15e-160; confidence=high
RiceOs03g0852200 (DER2)
-
identity=83.3; qcov=1; evalue=8.61e-155; confidence=high
GOGO:0000839 (Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0030433 (GO:0030433); GO:0030968 (endoplasmic reticulum unfolded protein response); GO:0051787 (misfolded protein binding); GO:1990381 (ubiquitin-specific protease binding)
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04511 (DER1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985766

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057764868.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057764868.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764868.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764868.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764868.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:8764307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,B93,C26
Chr5:8765867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764868.1
244 aa
N
1
122
244
DER1
C
PF04511 DER1 12-211 aa
XP_057764869.1
244 aa
N
1
122
244
DER1
C
PF04511 DER1 12-211 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764868.1 Pfam PF04511 DER1 Domain 12 211 5.7e-63 213.1 Der1-like family
XP_057764869.1 Pfam PF04511 DER1 Domain 12 211 5.7e-63 213.1 Der1-like family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908886.1
AGCATCCTATTGGTCCGTGTTTAACACTCGAGCCCCATACGCGTGTTAAAAATAAAAACCCCCACGCGGTGCAGAGAAACATCCAGCTCTAAATATCAAAGGCGGAGAAGAAGAAACAAACAACGAAAGCAGAGAGAGAAATTACCGTCGTCTGTTTGTTCTTTATTTCGCATCTATACATATTCACGACACAACCTGTTTTTCTATACATACACACATGCAGAGATACATTTGATATCAAGAATGGCGCAAGCAGTGGA...
XM_057908885.1
AGCATCCTATTGGTCCGTGTTTAACACTCGAGCCCCATACGCGTGTTAAAAATAAAAACCCCCACGCGGTGCAGAGAAACATCCAGCTCTAAATATCAAAGGCGGAGAAGAAGAAACAAACAACGAAAGCAGAGAGAGAAATTACCGTCGTCTGTTTGTTCTTTATTTCGCATCTATACATATTCACGACACAACCTGTTTTTCTATACATACACACATGCAGAGATACATTTGGTATGTATAAATGAATTTTCGGATTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985766
ATGGCGCAAGCAGTGGAAGAGTGGTACAAGCAGATGCCGATCATTACGCGTTCGTACCTCACAGCTGCCATTGTCACCACCATCGGTTGCTCTCTCGAAATAATATCTCCATATGATCTTTATTTGAACCCGAAGCTCGTGGTAAAGCAATACCAAATCTGGCGCGTCATTACCAATTTTCTGTATTTCCGCAAGATGGATTTGGACTTCTTGTTTCACATGTTCTTTCTAGCTCGGTACTGCAAGCTTCTCGAAGAGAA...
LOC130985766
ATGGCGCAAGCAGTGGAAGAGTGGTACAAGCAGATGCCGATCATTACGCGTTCGTACCTCACAGCTGCCATTGTCACCACCATCGGTTGCTCTCTCGAAATAATATCTCCATATGATCTTTATTTGAACCCGAAGCTCGTGGTAAAGCAATACCAAATCTGGCGCGTCATTACCAATTTTCTGTATTTCCGCAAGATGGATTTGGACTTCTTGTTTCACATGTTCTTTCTAGCTCGGTACTGCAAGCTTCTCGAAGAGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057764868.1
MAQAVEEWYKQMPIITRSYLTAAIVTTIGCSLEIISPYDLYLNPKLVVKQYQIWRVITNFLYFRKMDLDFLFHMFFLARYCKLLEENSFRGRTADFFYMLLFGATVLTGIVLVGGMIPYVSASFAKIIFLSNSLTFMMVYVWSKQNPFIHMSFLGLFTFTAAYLPWVLLGFSVLVGASAWVDLLGMIAGHAYYFLEDVYPRMTGRRPLRTPAVIRSLFADEPVVAARPAAVRFAAPPVDDAPPR
XP_057764869.1
MAQAVEEWYKQMPIITRSYLTAAIVTTIGCSLEIISPYDLYLNPKLVVKQYQIWRVITNFLYFRKMDLDFLFHMFFLARYCKLLEENSFRGRTADFFYMLLFGATVLTGIVLVGGMIPYVSASFAKIIFLSNSLTFMMVYVWSKQNPFIHMSFLGLFTFTAAYLPWVLLGFSVLVGASAWVDLLGMIAGHAYYFLEDVYPRMTGRRPLRTPAVIRSLFADEPVVAARPAAVRFAAPPVDDAPPR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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