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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001078

染色体: Chr05 坐标: 8968926-8973352 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001078
名称SmilChr05G001078
描述calcium-dependent protein kinase 2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向8968926 - 8973352 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985785
GeneID130985785
locus_tag-
NCBI NameLOC130985785
原始查询LOC130985785

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium-dependent protein kinase 2-like
产物calcium-dependent protein kinase 2-like
ArabidopsisAT4G04720 (CPK21)
calcium-dependent protein kinase 21 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825807]
identity=72.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0515100 (OsCDPK19)
calcium-dependent protein kinase 19-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4343373]
identity=74.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004683 (calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005516 (calmodulin binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009931 (calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00036 (EF-hand_1); PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985785

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057764885.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057764885.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057764885.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764885.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764885.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:8969281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B17
Chr5:8969406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C52,C73,D6
Chr5:8969477 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B92
Chr5:8969477 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B92
Chr5:8969572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:8969823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr5:8972044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr5:8972671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B104,B2,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764885.1
538 aa
N
1
269
538
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
EF-hand_7
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_7
EF-hand_6
EF-hand_1
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_5
EF-hand_1
C
PF00069 Pkinase 92-350 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 94-346 aa PF13499 EF-hand_7 395-456 aa PF13202 EF-hand_5 396-418 aa PF13833 EF-hand_8 408-455 aa PF00036 EF-hand_1 431-455 aa PF13202 EF-hand_5 433-453 aa PF13833 EF-hand_8 465-493 aa PF13499 EF-hand_7 466-528 aa PF13405 EF-hand_6 468-496 aa PF00036 EF-hand_1 469-494 aa PF13202 EF-hand_5 471-490 aa PF13833 EF-hand_8 482-528 aa PF13202 EF-hand_5 503-523 aa PF00036 EF-hand_1 503-529 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764885.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 92 350 6.3e-78 262.5 Protein kinase domain
XP_057764885.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 94 346 2.7e-30 106.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057764885.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 395 456 2.2e-32 111.9 EF-hand domain pair
XP_057764885.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 396 418 3.1e-25 87.1 EF hand
XP_057764885.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 408 455 9.1e-20 70.9 EF-hand domain pair
XP_057764885.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 431 455 1.1e-34 116.1 EF hand domain
XP_057764885.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 433 453 3.1e-25 87.1 EF hand
XP_057764885.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 465 493 9.1e-20 70.9 EF-hand domain pair
XP_057764885.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 466 528 2.2e-32 111.9 EF-hand domain pair
XP_057764885.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 468 496 1.7e-26 90.1 EF-hand domain
XP_057764885.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 469 494 1.1e-34 116.1 EF hand domain
XP_057764885.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 471 490 3.1e-25 87.1 EF hand
XP_057764885.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 482 528 9.1e-20 70.9 EF-hand domain pair
XP_057764885.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 503 523 3.1e-25 87.1 EF hand
XP_057764885.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 503 529 1.1e-34 116.1 EF hand domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908902.1
ACGCAAACACGTTTGATATTATGACCTTAAATCAACCAGTGCCGCTGCCGAGGCCTTCTCCCAAACTCTGCTTCAATTCATTCTCAGTCGATTCTATTCTCTCTTTCTCTTTCAAATTCCGTTTCGTTTCTATTTCAGTCCCATATTTCTTCTGATCATCATATCAAAGCATAACCATTTATACTCGGGATTTGAGAGAACGGCCCTTTCTCAGTCCCAAGATTCAGTTTTTTTAGGTCCACTTTCTGTTCTTTCCAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985785
ATGGGAGGTTGTTTAAGCAAGAAGAATCACTCTAGCCGAGATGTGAACGGCTACAGATCAGAAAGAGCGAGCAATTATAAAAAACCATCAACTGATTTCCCCGCTCAATCCGAAACCCGAGCCAATCATGAAAGGCGGCGCCACCATCCACCACCGCCGCAAGCTCAGAATCCGCCGCCAATTCCAGCTCCCCACACTCCCCCCCGGCAGGCCGCTCCGAAATTAGAGCCGAACAACATTTTGGGGAAGCCATTCGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764885.1
MGGCLSKKNHSSRDVNGYRSERASNYKKPSTDFPAQSETRANHERRRHHPPPPQAQNPPPIPAPHTPPRQAAPKLEPNNILGKPFEDVKSKYSLGKELGRGQFGVTYTCTEMATGRQYACKSILKRKLVSKNDREDMKREVHIMQHLSGQPNIVEFRGAYEDRQAVHVVMELCGGGELFDRIIAKGHYSEKDASDLCRQIVNVVHHCHFMGVMHRDLKPENFLLSSKEEKAMLKATDFGLSVFIEEGKVYRDIVGSAYYV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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