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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001113

染色体: Chr05 坐标: 9282220-9283057 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001113
名称SmilChr05G001113
描述uncharacterized SmilChr05G001113
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向9282220 - 9283057 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985819
GeneID130985819
locus_tag-
NCBI NameLOC130985819
原始查询LOC130985819

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985819

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764942.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057764942.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764942.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764942.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057764942.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:9282325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr5:9282345 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B133,B135
Chr5:9282345 A AT 1bp_insertion CDS_variant 2 B133,B135
Chr5:9282363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C14,C87
Chr5:9282368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B63,B95,C1,C79
Chr5:9282369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B131,C50,C72
Chr5:9282383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C83
Chr5:9282390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,B34
Chr5:9282423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B124,C20
Chr5:9282429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,C2,C21,C58,C59
Chr5:9282432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B25,C58,C75
Chr5:9282437 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A7,B35,B67,C54,C77,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908959.1
TTCAAATCGAGCTCGTGCAAATCGGATGTCCGAGCCCGATGGGGAGGGTACAGGGATCAGTAGGCACGTGGGCGGGTCCCAGTCGACTCGTATCCTGCAGCAGTATATGAGCTTGGATCCTGGTACTCCCCAGGATGCACCGAACTATGCCACCTTCCTCCGCCTCCACACGTACGCCGACGGAAGTTATACGTCGGAGAGAGATGCTAGAATCGACGCCGAGGTTCATCGACTGGCCGCTGCCACAGGACGACAGGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985819
ATGTCCGAGCCCGATGGGGAGGGTACAGGGATCAGTAGGCACGTGGGCGGGTCCCAGTCGACTCGTATCCTGCAGCAGTATATGAGCTTGGATCCTGGTACTCCCCAGGATGCACCGAACTATGCCACCTTCCTCCGCCTCCACACGTACGCCGACGGAAGTTATACGTCGGAGAGAGATGCTAGAATCGACGCCGAGGTTCATCGACTGGCCGCTGCCACAGGACGACAGGAGCGGCTAGACGAGGTGTATTTGGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764942.1
MSEPDGEGTGISRHVGGSQSTRILQQYMSLDPGTPQDAPNYATFLRLHTYADGSYTSERDARIDAEVHRLAAATGRQERLDEVYLEMVQIDRSRIYGVGSAGQSQASRGSIHSTGSSAVSQQLYETRISTLEEQLAAEQAQRQQMEERMAAEEAQRQQMQDRMAQLEAFMRMYNAQPPPHPDADDDDDDDA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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