Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001129`

染色体: Chr05 坐标: 9419870-9426929 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001129`
名称	SmilChr05G001129
描述	pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase subunit beta
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	9419870 - 9426929 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985832`
GeneID	`130985832`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985832`
原始查询	`LOC130985832`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase subunit beta
产物	pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase subunit beta
Arabidopsis	`AT1G12000` (AT1G12000) Phosphofructokinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837752] identity=82; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0247500` (OsPFPB) - identity=79.5; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003872 (6-phosphofructokinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005829 (cytosol); GO:0006002 (fructose 6-phosphate metabolic process); GO:0006096 (glycolytic process); GO:0009749 (response to glucose); GO:0015979 (photosynthesis); GO:0047334 (diphosphate-fructose-6-phosphate 1-phosphotransferase activity)
KEGG	smil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00030 (Pentose phosphate pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00051 (Fructose and mannose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00365 (PFK)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985832

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057764965.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057764965.1`
3	Melanosome	Melanosome	0.20000	`XP_057764965.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764965.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764965.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:9420191`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr5:9420209`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B79,C27
`Chr5:9420212`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:9421042`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B111,B125,B77,C19,C58
`Chr5:9421262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,B7
`Chr5:9421322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B89,C76
`Chr5:9421923`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B126,B80,C60,D5
`Chr5:9421929`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B56,B96
`Chr5:9421930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr5:9422003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A19,B55,B7,C82
`Chr5:9425001`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C82
`Chr5:9425001`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764965.1

566 aa

283

566

PFK

PF00365 PFK 96-460 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764965.1`	Pfam	`PF00365`	PFK	Domain	96	460	2.6e-36	126.1	Phosphofructokinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908982.1
ACTCCACCCTCATCACCTAAACCCTAATTTCACCTAAAAAATAAAAATAAAAATAAAAATTAGAGTCATCACACTAAATCTTTGTCACGTGCGTATGATGAAATACCAAAACCACCCTCCACCCAACAAGTATCCGATTCTGGCGGACCTTCCGAGGACACATATACCCCTATAAAGACAAGGCAGCACAAACATAGGCTATCGATCTGAAGCTTGGTCACTGCCGAGTAAAACTGTGTAAGAACCACTTACTCTCTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985832
ATGGCCGCTGCTGCAGTTGTTGCCAACGGCGATTACGCCGCCGTTCAAACTCCGTCTACCGGCCGGTTTGCCGCCGGTTACAGCGAAGTACAGAACAGCCGTCTCGATCACTCCCTCCCCCTGCCTTCCGTCCTCAAAAGCTCCTTGAAAGTCGTCGACGGTCCGCCTAGCTCTGCTGCCGGAAATCCAGATGAGATTGCGAAATTGTTTCCTTGTCTTTTTGGACAACCATCAGTGAACTTGGTACCAGGAGATTCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764965.1
MAAAAVVANGDYAAVQTPSTGRFAAGYSEVQNSRLDHSLPLPSVLKSSLKVVDGPPSSAAGNPDEIAKLFPCLFGQPSVNLVPGDSTGELLPKALKIGVVLSGGQAPGGHNVISGIFDYLQDRCKGSTLYGFRGGPAGIMKGKYVVLTPEYIYPYRNQGGFDMICSGRDKIETPEQFKQAADTAVKLDLDGLVVIGGDDSNTNACLLAENFRSKNLKTRVIGCPKTIDGDLKSKEVPTSFGFDTACKIYAEMIGNVMVDA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器