Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001146

染色体: Chr05 坐标: 9595983-9600002 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001146
名称SmilChr05G001146
描述glycosyltransferase BC10-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向9595983 - 9600002 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985851
GeneID130985851
locus_tag-
NCBI NameLOC130985851
原始查询LOC130985851

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycosyltransferase BC10-like
产物glycosyltransferase BC10-like
ArabidopsisAT1G11940 (AT1G11940)
Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837746]
identity=61.4; qcov=0.99; evalue=2.23e-168; confidence=high
RiceOs01g0695200
-
identity=57.7; qcov=0.872; evalue=9.81e-136; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF02485 (Branch)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985851

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057764997.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057764997.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764997.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764997.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764997.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:9596682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:9596779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C73,D6
Chr5:9598951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B74,D9
Chr5:9599685 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C61
Chr5:9599685 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764997.1
382 aa
N
1
191
382
Branch
C
PF02485 Branch 68-322 aa
XP_057764998.1
382 aa
N
1
191
382
Branch
C
PF02485 Branch 68-322 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764997.1 Pfam PF02485 Branch Family 68 322 7.8e-71 239.3 Core-2/I-Branching enzyme
XP_057764998.1 Pfam PF02485 Branch Family 68 322 7.8e-71 239.3 Core-2/I-Branching enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909015.1
TTGCTAGAGAAAAATTAGGTTAAGAAGTGAGCTTGTTTTGAAATAATAATAGGAGTATAAGGCAACCAATAAGTCAACAACTATTGATTGGATTAACAAGTTGTTAGGTGTGGATTAGCTTAAGCTAAAATGAATTGAGGTGTCAATAGACGAAGGGGCAAAATCACTTGAAGCGCACGCGGCACGACGTCGTTGGACTTGTCCCCTCCGCTCTGCCTCCCAACCAACTGAATCACCGCCAGAAACCTTCCGTTTCAAAC...
XM_057909014.1
AACAACTATTGATTGGATTAACAAGTTGTTAGGTGTGGATTAGCTTAAGCTAAAATGAATTGAGGTGTCAATAGACGAAGGGGCAAAATCACTTGAAGCGCACGCGGCACGACGTCGTTGGACTTGTCCCCTCCGCTCTGCCTCCCAACCAACTGAATCACCGCCAGAAACCTTCCGTTTCAAACCAAACTTTTTTACTTTTCTTTTCGATTCCTTATTTCTCCCTTCAATTATTTTATTTCAATAAATTCCTTTGCTTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985851
ATGACGAAGAAGGCACAGGCATCGATGAAGCCGGGTTTGTCGATGCGCCACGTGTTGTGTTTCGGGTGGAAGCTGGTGATTCTAGTTTCCGTTGCGCTTTGCGTCTTCGCATTTCTCAGAATCCAGCAGTATTCTCAGTCCACGGCTGCTCTGCCGCGGAAATCTCGCTCTCTCAGCTACGACTTCAACGGCAATCCCAAGATCGCGTTTCTGTTTCTCGTTCGGAGACATTTACCCCTTGATTTCCTTTGGGAAAGCTT...
LOC130985851
ATGACGAAGAAGGCACAGGCATCGATGAAGCCGGGTTTGTCGATGCGCCACGTGTTGTGTTTCGGGTGGAAGCTGGTGATTCTAGTTTCCGTTGCGCTTTGCGTCTTCGCATTTCTCAGAATCCAGCAGTATTCTCAGTCCACGGCTGCTCTGCCGCGGAAATCTCGCTCTCTCAGCTACGACTTCAACGGCAATCCCAAGATCGCGTTTCTGTTTCTCGTTCGGAGACATTTACCCCTTGATTTCCTTTGGGAAAGCTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057764997.1
MTKKAQASMKPGLSMRHVLCFGWKLVILVSVALCVFAFLRIQQYSQSTAALPRKSRSLSYDFNGNPKIAFLFLVRRHLPLDFLWESFFENVDRANFSIYIHSEPRFVFDESTTRSAIFFDRQLRNNIKVAWGEASMIQAERILFEEALQDPANQRFILLSDSCVPLYNFSYIYNYLMGSPRSFVDSFLDKKDVRYNPKMSPVIPKQKWRKGSQWVTLIRRHAEEVVDDEIVFPIFKKFCKRRPPVDASKGRKNLKLQKQH...
XP_057764998.1
MTKKAQASMKPGLSMRHVLCFGWKLVILVSVALCVFAFLRIQQYSQSTAALPRKSRSLSYDFNGNPKIAFLFLVRRHLPLDFLWESFFENVDRANFSIYIHSEPRFVFDESTTRSAIFFDRQLRNNIKVAWGEASMIQAERILFEEALQDPANQRFILLSDSCVPLYNFSYIYNYLMGSPRSFVDSFLDKKDVRYNPKMSPVIPKQKWRKGSQWVTLIRRHAEEVVDDEIVFPIFKKFCKRRPPVDASKGRKNLKLQKQH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器