当前解析结果
SmilChr05G001146| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001146 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001146 |
| 描述 | glycosyltransferase BC10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 9595983 - 9600002 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985851 |
|---|---|
| GeneID | 130985851 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985851 |
| 原始查询 | LOC130985851 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycosyltransferase BC10-like |
| 产物 | glycosyltransferase BC10-like |
| Arabidopsis | AT1G11940 (AT1G11940)Core-2/I-branching beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837746] identity=61.4; qcov=0.99; evalue=2.23e-168; confidence=high |
| Rice | Os01g0695200- identity=57.7; qcov=0.872; evalue=9.81e-136; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02485 (Branch) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985851 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057764997.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057764997.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764997.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764997.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764997.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:9596682 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:9596779 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C73,D6 |
Chr5:9598951 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B14,B74,D9 |
Chr5:9599685 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C61 |
Chr5:9599685 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C61 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764997.1PF02485
Branch 68-322 aa
XP_057764998.1PF02485
Branch 68-322 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764997.1 |
Pfam | PF02485 |
Branch | Family | 68 | 322 | 7.8e-71 | 239.3 | Core-2/I-Branching enzyme |
XP_057764998.1 |
Pfam | PF02485 |
Branch | Family | 68 | 322 | 7.8e-71 | 239.3 | Core-2/I-Branching enzyme |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。