Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001199`

染色体: Chr05 坐标: 10089838-10093592 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001199`
名称	SmilChr05G001199
描述	thymidine kinase a-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	10089838 - 10093592 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985898`
GeneID	`130985898`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985898`
原始查询	`LOC130985898`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	thymidine kinase a-like
产物	thymidine kinase a-like
Arabidopsis	`AT5G23070` (TK1b) Thymidine kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832371] identity=58.3; qcov=0.983; evalue=3.92e-102; confidence=high
Rice	`Os03g0113100` (TK) - identity=55.8; qcov=0.99; evalue=1.31e-107; confidence=high
GO	GO:0004797 (thymidine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0046104 (thymidine metabolic process)
KEGG	smil00240 (Pyrimidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01232 (Nucleotide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00265 (TK)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985898

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057765050.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.60000	`XP_057765050.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765050.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765050.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765050.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:10090145`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr5:10090289`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:10090335`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B72,B99,C4,C46,C87
`Chr5:10092887`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,C58,D5
`Chr5:10092904`	`G`	`GT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	3	B138,B53,D7
`Chr5:10092904`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B138,B53,D7
`Chr5:10092941`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,D7
`Chr5:10092982`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B49
`Chr5:10092982`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B49
`Chr5:10093167`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,D7
`Chr5:10093183`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,D5
`Chr5:10093208`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765050.1

288 aa

144

288

PF00265 TK 86-263 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765050.1`	Pfam	`PF00265`	TK	Family	86	263	2.9e-52	177.8	Thymidine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909067.1
ATAAGGCGAAAGAAAAATAAAAATAAAAACAAAAACAAAATTAGTTTCATATCCTTTACCAATCACCAATTCACCATTGCCGTCGTCTTGACTTTCCTTCCAAGCCAAAAACCCTAACCCCTAAAACCCCTACATTTCTCAAAATCCCTTCCACCTTCGTTTCCCTCCTCTCACACATATCCATGTCTTCATATTATCAAATGATACATATAACTCAGTTAGCATTTCTCTGAGAAAATCCCGCATCAATTTACACTACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985898
ATGTTTAAAGTTTCTAAAATGAAGTCACTCCTCGCTCTCAGTCCATCTTTCTCCAATTCCGCCGCTGCCGCAGCTTCTCTCAACCTCTACTTTTTTTCAAGACCCTCCACTCTTCTTCGGACAAAAACCAAGATTAACCCCTTGAAAAACCCTACTTTTTTTCCGGCCATATTTTCGGTCAATTCACACGCTAATTATACAAAACCATATAGTAGTAGTCAAAGTCAGGGCTTGTGCACGGATGGCCGTGCATCGGGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765050.1
MFKVSKMKSLLALSPSFSNSAAAAASLNLYFFSRPSTLLRTKTKINPLKNPTFFPAIFSVNSHANYTKPYSSSQSQGLCTDGRASGEIHVIVGPMFAGKTTTLLKRMKSESSNGRSVAIIKSNKDNRYGLDSIVTHDGEKLPCLPVADLSSVREKLGAELYDKLEVIGIDEAQFFEDLYDFCCKAADHDGKTVIIAGLDGDYLRRRFGSVLDVIPIADSVTKLSARCEVCGKRALFTLRKTDETETEVIAGAEVYMPVCR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器