Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002692`

染色体: Chr01 坐标: 45162758-45163360 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002692`
名称	SmilChr01G002692
描述	uncharacterized SmilChr01G002692
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	45162758 - 45163360 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985910`
GeneID	`130985910`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985910`
原始查询	`LOC130985910`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitochondrial ribosomal protein L11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829701]; symbol=MRPL11; hit=AT4G35490; species=arabidopsis; confidence=high
产物	mitochondrial ribosomal protein L11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829701]; symbol=MRPL11; hit=AT4G35490; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G35490` (MRPL11) mitochondrial ribosomal protein L11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829701] identity=79.9; qcov=0.994; evalue=4.91e-93; confidence=high
Rice	`Os10g0466200` (OSJNBa0006L06.28) - identity=77; qcov=0.981; evalue=1.03e-80; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0015934 (large ribosomal subunit); GO:0070180 (large ribosomal subunit rRNA binding)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00298 (Ribosomal_L11); PF03946 (Ribosomal_L11_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985910

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057765074.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765074.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765074.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765074.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765074.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:45162950`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	175	A1,A10,A13,A15,A20,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B107,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B134,B136,B137,B138,B14,B17,B19,B2,B22,B24,B25,B27,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B40,B41,B44,B45,B47,B48,B49,B5,B50,B52,B55,B57,B59,B6,B60,B61,B63,B65,B66,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B9,B91,B93,B95,B98,C10,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C21,C23,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C31,C33,C34,C36,C37,C39,C4,C41,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C52,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C64,C65,C66,C7,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C86,C87,D1,D2,D4,D5,D7,D9
`Chr1:45163135`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr1:45163150`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B121,B23,B26,B42,C64,C66,C68
`Chr1:45163168`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B20,C10
`Chr1:45163168`	`C`	`CG`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B20,C10
`Chr1:45163222`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	A16,A2,A7,B126,B127,B35,B42,B43,B55,B77,C11,C69,C70,C84,D5
`Chr1:45163291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr1:45163297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B115,C58
`Chr1:45163316`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr1:45163317`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr1:45163321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765074.1

155 aa

155

Ribosomal_L11_N

Ribosomal_L11

PF03946 Ribosomal_L11_N 17-75 aa PF00298 Ribosomal_L11 80-150 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765074.1`	Pfam	`PF03946`	Ribosomal_L11_N	Domain	17	75	1e-23	83.5	Ribosomal protein L11, N-terminal domain
`XP_057765074.1`	Pfam	`PF00298`	Ribosomal_L11	Domain	80	150	1.2e-27	96.8	Ribosomal protein L11, RNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909091.1
TACAAAATAGCCGTCACTCACTCCAACGCCTAAACATGGCGACGCTCAAAGAAATCCTAACCCGACGTCCAGTGGCGGCGACGATCCGGCTGACGGTGCCGGCGGGCGCCGCAAAGCCGGCGCCTCCGGTGGGGCCGGCTCTGGGTCAGTACCGGCTGAATCTGATGGCGTTCTGCAAGGATTTCAACGCCCGAACCCAGAAATACAAGGCCGAAACCCCAATGGCGGTGACGATTACGGCGTTCACCGACAACACGTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985910
ATGGCGACGCTCAAAGAAATCCTAACCCGACGTCCAGTGGCGGCGACGATCCGGCTGACGGTGCCGGCGGGCGCCGCAAAGCCGGCGCCTCCGGTGGGGCCGGCTCTGGGTCAGTACCGGCTGAATCTGATGGCGTTCTGCAAGGATTTCAACGCCCGAACCCAGAAATACAAGGCCGAAACCCCAATGGCGGTGACGATTACGGCGTTCACCGACAACACGTTCGAGTTCACGGTGAAGTCTCCGTCGGTGACGTGGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765074.1
MATLKEILTRRPVAATIRLTVPAGAAKPAPPVGPALGQYRLNLMAFCKDFNARTQKYKAETPMAVTITAFTDNTFEFTVKSPSVTWYLKKAAGIETGSGRPGHVSVSTITVKHVYEIAKIKQSDPYCQYMSLESISKSIIGTANSMGIKVQKELD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器