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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001218

染色体: Chr05 坐标: 10221503-10222314 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001218
名称SmilChr05G001218
描述uncharacterized SmilChr05G001218
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10221503 - 10222314 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985915
GeneID130985915
locus_tag-
NCBI NameLOC130985915
原始查询LOC130985915

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827335]; symbol=AT4G16410; hit=AT4G16410; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827335]; symbol=AT4G16410; hit=AT4G16410; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G16410 (AT4G16410)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827335]
identity=63.4; qcov=0.636; evalue=3.7e-43; confidence=medium
RiceOs07g0607200
-
identity=63.6; qcov=0.438; evalue=2.12e-30; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF05421 (DUF751)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985915

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057765075.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057765075.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057765075.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057765075.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765075.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10221991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr5:10222031 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C68,D8
Chr5:10222172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B63,B79,C54,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765075.1
176 aa
N
1
88
176
DUF751
C
PF05421 DUF751 107-166 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765075.1 Pfam PF05421 DUF751 Family 107 166 1.7e-21 77.4 Protein of unknown function (DUF751)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909092.1
CCGTCTCAGAGTTAGATAAGGTCGTAAAAAGGCCCATTTTAGATTTAGATAAGGCAAAACATATCCAAGCGCTCCCACCACCACCACCACCCATCTAATTTCAAAAACAATCCTTTGCCGATTCAATCTCAAATTCCCAGAAAAAATGAACACAATCAGAATCGAGGTGCTGCACTTGAATCCCACAAATCTGAGAAACCGTAGCCCAACTAAACCCAGATTCAATCTCATAAACCCCTCTTCAATATCCTGCATTAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985915
ATGAACACAATCAGAATCGAGGTGCTGCACTTGAATCCCACAAATCTGAGAAACCGTAGCCCAACTAAACCCAGATTCAATCTCATAAACCCCTCTTCAATATCCTGCATTAATTTTGCGAGCAGAAGGCGCGGTGACATCAGCCTAAAAGTATCAGCATGTGAGGAAGGCGAGATACATTCAAGCGGGGGCGGCGCGAAAGAGAATTCTAGAATGGTGATGTTAGCGGCCGTATCTGTGGGAGTGGCGCTGTTTGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765075.1
MNTIRIEVLHLNPTNLRNRSPTKPRFNLINPSSISCINFASRRRGDISLKVSACEEGEIHSSGGGAKENSRMVMLAAVSVGVALFVMGFDDERALALGPEGPLMEEFWDNMRRYALYALTVSTGALWVLLEPIVELLKNPISALLLVIIFGGGFYILSQVVTAMIGLSDFSYDYSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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