当前解析结果
SmilChr05G001224| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001224 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001224 |
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 7-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 10302455 - 10306055 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985922 |
|---|---|
| GeneID | 130985922 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985922 |
| 原始查询 | LOC130985922 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 7-like |
| 产物 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 7-like |
| Arabidopsis | AT5G50740 (AT5G50740)Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835146] identity=44.9; qcov=0.96; evalue=4.96e-63; confidence=medium |
| Rice | Os02g0510600- identity=39.8; qcov=1.04; evalue=1.25e-53; confidence=medium |
| GO | GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00403 (HMA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985922 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057765083.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057765083.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057765083.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765083.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765083.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:10302843 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:10303588 |
GCA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C26 |
Chr5:10303588 |
GCA |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C26 |
Chr5:10303619 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765083.1PF00403
HMA 35-88 aa
PF00403
HMA 140-191 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765083.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 35 | 88 | 6.7e-24 | 84.8 | Heavy-metal-associated domain |
XP_057765083.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 140 | 191 | 6.7e-24 | 84.8 | Heavy-metal-associated domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。