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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001232

染色体: Chr05 坐标: 10407889-10415055 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001232
名称SmilChr05G001232
描述tRNA (guanine(9)-N1)-methyltransferase
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10407889 - 10415055 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985929
GeneID130985929
locus_tag-
NCBI NameLOC130985929
原始查询LOC130985929

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tRNA (guanine(9)-N1)-methyltransferase
产物tRNA (guanine(9)-N1)-methyltransferase
ArabidopsisAT5G47680 (TRM10)
tRNA (guanine(9)-N1)-methyltransferase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834819]
identity=62.1; qcov=0.813; evalue=5.39e-121; confidence=high
RiceOs02g0725600
-
identity=76.5; qcov=0.295; evalue=5.35e-59; confidence=weak
GOGO:0000049 (tRNA binding); GO:0002939 (tRNA N1-guanine methylation); GO:0005634 (nucleus); GO:0009019 (GO:0009019)
KEGG-
PfamPF27710 (TRM10_TRM10A)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985929

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057765091.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057765093.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057765091.1
4 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057765093.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765091.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10409851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C39,C44,C65
Chr5:10411649 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 14 A24,A7,B126,B13,B139,B80,B94,B97,C30,C40,C50,C58,C76,C78
Chr5:10411669 C CCG 2bp_insertion frameshift_variant 89 A11,A21,A23,A24,A3,A4,A6,A7,B10,B101,B105,B110,B112,B115,B122,B126,B127,B129,B13,B130,B139,B16,B18,B2,B20,B25,B28,B33,B37,B38,B40,B41,B44,B46,B47,B48,B53,B54,B57,B6,B65,B67,B69,B7,B71,B72,B78,B8,B80,B82,B83,B84,B87,B88,B9,B91,B93,B94,B97,B99,C13,C14,C15,C16,C19,C22,C29,C30,C31,C40,C42,C43,C45,C46,C50,C58,C59,C60,C70,C72,C76,C77,C78,C79,C81,C84,D2,D3,D7
Chr5:10411673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B35
Chr5:10411683 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 6 A14,B62,B79,B84,C36,C43
Chr5:10412433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C39,C44,C65
Chr5:10414476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr5:10414750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:10414857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:10414938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:10415005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B49,C44,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765091.1
388 aa
N
1
194
388
TRM10_TRM10A
C
PF27710 TRM10_TRM10A 81-346 aa
XP_057765092.1
388 aa
N
1
194
388
TRM10_TRM10A
C
PF27710 TRM10_TRM10A 81-346 aa
XP_057765093.1
390 aa
N
1
195
390
TRM10_TRM10A
C
PF27710 TRM10_TRM10A 81-346 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765091.1 Pfam PF27710 TRM10_TRM10A Family 81 346 5.2e-82 275.9 tRNA (guanine(9)-N(1))-methyltransferase TRM10/TRM10A
XP_057765092.1 Pfam PF27710 TRM10_TRM10A Family 81 346 5.2e-82 275.9 tRNA (guanine(9)-N(1))-methyltransferase TRM10/TRM10A
XP_057765093.1 Pfam PF27710 TRM10_TRM10A Family 81 346 4.7e-82 276.0 tRNA (guanine(9)-N(1))-methyltransferase TRM10/TRM10A

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909108.1
AGAAACTCGATGCTATTGATATTCCGACGTCGTATGGTTAGCTGTTACCAAATCGCTGCTTCAGGTCCGTGCGGAAACTGGAAAACCTCAATACGACGCCCTTTACCGCCGCAGCAACGGCTGCATTTCCCTCTTCCAGCATCCCGTCTCACTCAACTACGTACCACTCTCACACCATATCTGCAAATGGAACCGGCGATGGAGCCCTTGCAGAATGACCAAACTGCTCCCCCCGCCGCCGCTGCCCTGCCAATGTCGAA...
XM_057909109.1
AGAAACTCGATGCTATTGATATTCCGACGTCGTATGGTTAGCTGTTACCAAATCGCTGCTTCAGGTCCGTGCGGAAACTGGAAAACCTCAATACGACGCCCTTTACCGCCGCAGCAACGGCTGCATTTCCCTCTTCCAGCATCCCGTCTCACTCAACTACGTACCACTCTCACACCATATCTGCAAATGGAACCGGCGATGGAGCCCTTGCAGAATGACCAAACTGCTCCCCCCGCCGCCGCTGCCCTGCCAATGTCGAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130985929
ATGCTATTGATATTCCGACGTCGTATGGTTAGCTGTTACCAAATCGCTGCTTCAGGTCCGTGCGGAAACTGGAAAACCTCAATACGACGCCCTTTACCGCCGCAGCAACGGCTGCATTTCCCTCTTCCAGCATCCCGTCTCACTCAACTACGTACCACTCTCACACCATATCTGCAAATGGAACCGGCGATGGAGCCCTTGCAGAATGACCAAACTGCTCCCCCCGCCGCCGCTGCCCTGCCAATGTCGAAGAACGCTCA...
LOC130985929
ATGCTATTGATATTCCGACGTCGTATGGTTAGCTGTTACCAAATCGCTGCTTCAGGTCCGTGCGGAAACTGGAAAACCTCAATACGACGCCCTTTACCGCCGCAGCAACGGCTGCATTTCCCTCTTCCAGCATCCCGTCTCACTCAACTACGTACCACTCTCACACCATATCTGCAAATGGAACCGGCGATGGAGCCCTTGCAGAATGACCAAACTGCTCCCCCCGCCGCCGCTGCCCTGCCAATGTCGAAGAACGCTCA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057765091.1
MLLIFRRRMVSCYQIAASGPCGNWKTSIRRPLPPQQRLHFPLPASRLTQLRTTLTPYLQMEPAMEPLQNDQTAPPAAAALPMSKNAQKRLLKQQRFEAKKAEKKAQMKEHKKREAERKRTEWAEKLASLGDEEREKLIEQRKGMRRERMEKRSEEKGQKLERLQQARVNGQNVVIDLEFAHLMTSTELSSLVQQIMYCYAINGRCALPAHIWLTGCKGEMQNQLMRIPGYDRWLIEKEDQSYIEAFQDQKENLVYLTADS...
XP_057765092.1
MLLIFRRRMVSCYQIAASGPCGNWKTSIRRPLPPQQRLHFPLPASRLTQLRTTLTPYLQMEPAMEPLQNDQTAPPAAAALPMSKNAQKRLLKQQRFEAKKAEKKAQMKEHKKREAERKRTEWAEKLASLGDEEREKLIEQRKGMRRERMEKRSEEKGQKLERLQQARVNGQNVVIDLEFAHLMTSTELSSLVQQIMYCYAINGRCALPAHIWLTGCKGEMQNQLMRIPGYDRWLIEKEDQSYIEAFQDQKENLVYLTADS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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