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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001241

染色体: Chr05 坐标: 10520062-10524285 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001241
名称SmilChr05G001241
描述serine/threonine-protein kinase D6PKL1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10520062 - 10524285 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985938
GeneID130985938
locus_tag-
NCBI NameLOC130985938
原始查询LOC130985938

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase D6PKL1
产物serine/threonine-protein kinase D6PKL1
ArabidopsisAT5G47750 (D6PKL2)
D6 protein kinase like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834826]
identity=81.8; qcov=0.817; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0491200
-
identity=75.8; qcov=0.887; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985938

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765108.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057765108.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765108.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765108.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765108.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10520425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:10520427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,B18,B97
Chr5:10520432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B55,B73,C70,D10
Chr5:10520479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:10520541 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr5:10520638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr5:10520786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B17,B41,B67,C46
Chr5:10522414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B23
Chr5:10522465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr5:10522646 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B35,B41,C82
Chr5:10522729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,C18,C23,C29
Chr5:10522740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765108.1
611 aa
N
1
306
611
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 218-367 aa PF00069 Pkinase 218-370 aa PF00069 Pkinase 454-557 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 461-544 aa
XP_057765109.1
611 aa
N
1
306
611
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 218-367 aa PF00069 Pkinase 218-370 aa PF00069 Pkinase 454-557 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 461-544 aa
XP_057765110.1
611 aa
N
1
306
611
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 218-367 aa PF00069 Pkinase 218-370 aa PF00069 Pkinase 454-557 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 461-544 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765108.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 218 367 2.9e-27 96.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765108.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 218 370 1.2e-58 199.3 Protein kinase domain
XP_057765108.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 454 557 1.2e-58 199.3 Protein kinase domain
XP_057765108.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 461 544 2.9e-27 96.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765109.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 218 367 2.9e-27 96.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765109.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 218 370 1.2e-58 199.3 Protein kinase domain
XP_057765109.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 454 557 1.2e-58 199.3 Protein kinase domain
XP_057765109.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 461 544 2.9e-27 96.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765110.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 218 367 2.9e-27 96.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765110.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 218 370 1.2e-58 199.3 Protein kinase domain
XP_057765110.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 454 557 1.2e-58 199.3 Protein kinase domain
XP_057765110.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 461 544 2.9e-27 96.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909125.1
TAAAATCGAAAAAAAAAAGGAAGGGTGTTAAGTAAACTAAAACTACTAACTAGGGAATAGGGCTAATTAGTATAATTGGGTGATTTTCAGTAGCTTTTTTTTCTCAGTTTGACCGCAGCAACCCTCCCTCCACTCACAGTTATGATTCTCTTCTCCTAATAAAAAGTGGAGGATTTGAGATGCGCCAGTCGCCTCTCACCATCTAATTTTCATTAAATCTTGCTCTCCGCTTTTCTCTCTCCTCCACTTGTGAGATTGTT...
XM_057909126.1
TTAAGTAAACTAAAACTACTAACTAGGGAATAGGGCTAATTAGTATAATTGGGTGATTTTCAGTAGCTTTTTTTTCTCAGTTTGACCGCAGCAACCCTCCCTCCACTCACAGTTATGATTCTCTTCTCCTAATAAAAAGTGGAGGATTTGAGATGCGCCAGTCGCCTCTCACCATCTAATTTTCATTAAATCTTGCTCTCCGCTTTTCTCTCTCCTCCACTTGTGAGATTGTTGACACAGCCCACAATCTGCCAAACAGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130985938
ATGGCCTCGAAGACTGGCTCTCGGGCTCCCTTGGGATTGCAACAAAAAGCTGTCGGCGCTCATTATGCGGTCAAGGCACATGATCTCAAATCTTTACCTTGCCAGGTCCTAAAAACTAACAAGCCGAAGCTGATCAAACCGGAGAAATCTGAAGAATCTGGTACGGTGACTGCTGGGGAACCTAGAGAAGATGTTGAGTCCAAACTTTCTCGAATTAATCTTGAGGATTCGTTGAATGTATCACCTGGTAACTCAGATTC...
LOC130985938
ATGGCCTCGAAGACTGGCTCTCGGGCTCCCTTGGGATTGCAACAAAAAGCTGTCGGCGCTCATTATGCGGTCAAGGCACATGATCTCAAATCTTTACCTTGCCAGGTCCTAAAAACTAACAAGCCGAAGCTGATCAAACCGGAGAAATCTGAAGAATCTGGTACGGTGACTGCTGGGGAACCTAGAGAAGATGTTGAGTCCAAACTTTCTCGAATTAATCTTGAGGATTCGTTGAATGTATCACCTGGTAACTCAGATTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057765108.1
MASKTGSRAPLGLQQKAVGAHYAVKAHDLKSLPCQVLKTNKPKLIKPEKSEESGTVTAGEPREDVESKLSRINLEDSLNVSPGNSDSKISSTRSEQVSTTGDVGVRENEISLETSEDQEKKISNPSSAKNSSVSAKISDGPNGLAKTSGSAKVSDRVDIESGKSSVCRGSTGSDVSDESTCSSFSSGINKPHKANDMRWEAIQALRSRDGVLGLSHFRLLKRLGCGDIGSVYLAELTGTKCYFAMKVMDKASLAGRKKLL...
XP_057765109.1
MASKTGSRAPLGLQQKAVGAHYAVKAHDLKSLPCQVLKTNKPKLIKPEKSEESGTVTAGEPREDVESKLSRINLEDSLNVSPGNSDSKISSTRSEQVSTTGDVGVRENEISLETSEDQEKKISNPSSAKNSSVSAKISDGPNGLAKTSGSAKVSDRVDIESGKSSVCRGSTGSDVSDESTCSSFSSGINKPHKANDMRWEAIQALRSRDGVLGLSHFRLLKRLGCGDIGSVYLAELTGTKCYFAMKVMDKASLAGRKKLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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