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同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度／序列长度；置信度是规则分级，不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001258

染色体: Chr05 坐标: 10723835-10727624 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001258
名称SmilChr05G001258
描述E3 ubiquitin-protein ligase RGLG1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10723835 - 10727624 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985954
GeneID130985954
locus_tag-
NCBI NameLOC130985954
原始查询LOC130985954

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase RGLG1-like
产物E3 ubiquitin-protein ligase RGLG1-like
ArabidopsisAT3G01650 (RGLG1)
RING domain ligase1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819911]
identity=58.5; qcov=0.995; evalue=1.32e-167; confidence=high
RiceOs08g0494300
-
identity=62.37; qcov=0.95; evalue=8.81e-179; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07002 (Copine); PF13920 (zf-C3HC4_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985954

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765171.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057765171.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10724338 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr5:10724338 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr5:10724342 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 180 A10,A11,A14,A15,A16,A18,A20,A21,A22,A24,A3,A4,A6,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B104,B108,B11,B110,B111,B118,B119,B12,B120,B121,B126,B127,B129,B13,B130,B132,B133,B135,B136,B137,B138,B15,B16,B17,B18,B19,B20,B21,B23,B24,B27,B28,B30,B31,B32,B33,B35,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B48,B49,B5,B50,B51,B54,B55,B56,B57,B58,B60,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B77,B78,B79,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B89,B9,B91,B93,B94,B95,B96,B97,B98,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C24,C26,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C51,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C66,C67,C68,C70,C73,C74,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C86,C9,D10,D11,D3,D5,D6,D7,D8,D9
Chr5:10724357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr5:10724561 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:10724590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr5:10724680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr5:10725060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:10725071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr5:10725281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B35
Chr5:10725464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B56,B96
Chr5:10725676 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765171.1
401 aa
N
1
200
401
Copine
zf-C3HC4_3
C
PF07002 Copine 87-301 aa PF13920 zf-C3HC4_3 354-395 aa
XP_057765172.1
401 aa
N
1
200
401
Copine
zf-C3HC4_3
C
PF07002 Copine 87-301 aa PF13920 zf-C3HC4_3 354-395 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765171.1 Pfam PF07002 Copine Domain 87 301 7.7e-70 235.5 Copine
XP_057765171.1 Pfam PF13920 zf-C3HC4_3 Domain 354 395 1.3e-08 35.2 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057765172.1 Pfam PF07002 Copine Domain 87 301 7.7e-70 235.5 Copine
XP_057765172.1 Pfam PF13920 zf-C3HC4_3 Domain 354 395 1.3e-08 35.2 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909189.1
GAAATACTAGTATAACCTTAATTCTTTATTGATTATGACTTCCTTGGCGCGTTGATTTAAAGAATTGGAAATGTGAATGTTCTGTTGATTGCGATGTTGAGTGAAGAAGAGACGGTAGCCGCAAAAAGTCAGCTCAATCGCAATAATTAATTCACACTTTGTTTTTGGCGTCAACCAGCATTTGGATCATTTCTTTCATTTCAGTTTGTTGATTCTGTTCCTCAAGATTCCGACAACCTGTGTTGTCCAAATCAATATAA...
XM_057909188.1
TGACTTCCTTGGCGCGTTGATTTAAAGAATTGGAAATGTGAATGTTCTGTTGATTGCGATGTTGAGTGAAGAAGAGACGGTAGCCGCAAAAAGTCAGCTCAATCGCAATAATTAATTCACACTTTGTTTTTGGCGTCAACCAGCATTTGGATCATTTCTTTCATTTCAGTTTGTTGATTCTGTTCCTCAAGTGTTTGTGATCACACAGATTCCGACAACCTGTGTTGTCCAAATCAATATAAGAAGGCGAGATGGGGGCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080391.1_cds_XP_057765171.1_26706
ATGGGGGCGAAGCTCTCGAGCAATGGAAGTTTTATCCGTAGGAATGCAATCAACCATGGATCTTCCCCTCATAATACCGATGATGCTGAAACCACTCATTTTTCTACGAGATATGGAAGAATCCCCGACAACTACCGGACTATCGAACAGGTTACACAAGCGCTTGCTGAATCGGGTCTGGAATCTTCAAATCTGATAGTTGGCATTGACTTCACGAAAAGCAATGAATGGACAGGGAGAGATTCCTTCAACGGAAGGTG...
lcl|NC_080391.1_cds_XP_057765172.1_26707
ATGGGGGCGAAGCTCTCGAGCAATGGAAGTTTTATCCGTAGGAATGCAATCAACCATGGATCTTCCCCTCATAATACCGATGATGCTGAAACCACTCATTTTTCTACGAGATATGGAAGAATCCCCGACAACTACCGGACTATCGAACAGGTTACACAAGCGCTTGCTGAATCGGGTCTGGAATCTTCAAATCTGATAGTTGGCATTGACTTCACGAAAAGCAATGAATGGACAGGGAGAGATTCCTTCAACGGAAGGTG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057765171.1
MGAKLSSNGSFIRRNAINHGSSPHNTDDAETTHFSTRYGRIPDNYRTIEQVTQALAESGLESSNLIVGIDFTKSNEWTGRDSFNGRCLHHLSDGLNPYQHAISIIGRTLSHFDEDNLIPCFGFGDVTTHDRDVFSFYSDNRPCDGFEEAVSRYREIVPHIRLSGPTSFAPIIETAIGIVDRSGGQYHVLLIIADGQVTRSDDIGSGQLSPQEQNTVNAIVRASEYPLSIIVVGVGDGPWDMMREFDDNIPARAFDNIQFV...
XP_057765172.1
MGAKLSSNGSFIRRNAINHGSSPHNTDDAETTHFSTRYGRIPDNYRTIEQVTQALAESGLESSNLIVGIDFTKSNEWTGRDSFNGRCLHHLSDGLNPYQHAISIIGRTLSHFDEDNLIPCFGFGDVTTHDRDVFSFYSDNRPCDGFEEAVSRYREIVPHIRLSGPTSFAPIIETAIGIVDRSGGQYHVLLIIADGQVTRSDDIGSGQLSPQEQNTVNAIVRASEYPLSIIVVGVGDGPWDMMREFDDNIPARAFDNIQFV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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