当前解析结果
SmilChr05G001266| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001266 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001266 |
| 描述 | cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 10787740 - 10788501 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985963 |
|---|---|
| GeneID | 130985963 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985963 |
| 原始查询 | LOC130985963 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 2-like |
| 产物 | cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 2-like |
| Arabidopsis | AT5G64620 (C/VIF2)cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836583] identity=32.3; qcov=0.747; evalue=1.31e-11; confidence=low |
| Rice | Os01g0311700- identity=25.3; qcov=0.88; evalue=7.47e-06; confidence=low |
| GO | GO:0004857 (enzyme inhibitor activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04043 (PMEI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985963 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057765185.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765185.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765185.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765185.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765185.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:10787896 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
Chr5:10787901 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B122,B20,C62,C80,D11 |
Chr5:10787935 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B26,B67,B98,C10,C28 |
Chr5:10788072 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C73 |
Chr5:10788072 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr5:10788232 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A19 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765185.1PF04043
PMEI 33-161 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765185.1 |
Pfam | PF04043 |
PMEI | Domain | 33 | 161 | 7.1e-11 | 43.2 | Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。