当前解析结果
SmilChr05G001272| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001272 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001272 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G001272 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 10871737 - 10873159 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985970 |
|---|---|
| GeneID | 130985970 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985970 |
| 原始查询 | LOC130985970 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0499000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0499000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0499000- identity=31.7; qcov=0.899; evalue=3.18e-15; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985970 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057765204.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057765204.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765204.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765204.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765204.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:10872011 |
GGT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B3,B59,C34,C38,C59 |
Chr5:10872011 |
GGT |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 5 | B3,B59,C34,C38,C59 |
Chr5:10872081 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B26,B98,C10,C28 |
Chr5:10872104 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr5:10872123 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B19,B61,B79,B8 |
Chr5:10872246 |
GAT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 23 | A13,A24,B129,B53,B85,B86,B89,C12,C14,C16,C19,C21,C31,C32,C39,C41,C45,C65,C68,C76,C8,C81,D3 |
Chr5:10872324 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr5:10872339 |
CGA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 36 | A21,A4,B108,B112,B117,B12,B121,B126,B131,B133,B134,B137,B21,B22,B23,B46,B5,B55,B60,B63,B68,B73,B87,C22,C25,C43,C54,C57,C77,C86,C87,C9,D1,D10,D7,D9 |
Chr5:10872365 |
TGA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A1,A8,C32 |
Chr5:10872365 |
TGA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | A1,A8,C32 |
Chr5:10872370 |
T |
TGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | A1,A8,C32 |
Chr5:10872370 |
T |
TGA |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | A1,A8,C32 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。