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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001277

染色体: Chr05 坐标: 10913881-10920978 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001277
名称SmilChr05G001277
描述sodium/hydrogen exchanger 6-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10913881 - 10920978 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985976
GeneID130985976
locus_tag-
NCBI NameLOC130985976
原始查询LOC130985976

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sodium/hydrogen exchanger 6-like
产物sodium/hydrogen exchanger 6-like
ArabidopsisAT1G79610 (NHX6)
Na+/H+ antiporter 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844299]
identity=84.4; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0286400 (OsNHX5)
-
identity=79.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005768 (endosome); GO:0006814 (sodium ion transport); GO:0006885 (regulation of pH); GO:0015385 (sodium:proton antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:1902600 (proton transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00999 (Na_H_Exchanger)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985976

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057765209.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057765209.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765209.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765209.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765209.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10914746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr5:10914784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,D11
Chr5:10916659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:10918431 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr5:10919325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765209.1
523 aa
N
1
262
523
Na_H_Exchanger
C
PF00999 Na_H_Exchanger 36-436 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765209.1 Pfam PF00999 Na_H_Exchanger Domain 36 436 1e-65 222.8 Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089128.1
GCATAATCAAAGTTCCAGTTGTTGAAAACCACTGAAAAGTCTAAACTAGAAAGCTCTTAAATCATCACGACTCAACAGTGATAGAGAAGAAATTCATCTCGTGATTGCCGATTCGATCGACCTAAATTCATTGGATAAAGAGCAAATTACAAGTAGAAAAATCCCGAGGAATCGGCATGGAAGAATTGCGCATATCTCCGGCCGATCCGAGGGGAAGTCCGGCGAAAGAGCAGCAGGCCGCCGGCGTTGGAATTCTTCTT...
XM_057909226.1
GCATAATCAAAGTTCCAGTTGTTGAAAACCACTGAAAAGTCTAAACTAGAAAGCTCTTAAATCATCACGACTCAACAGTGATAGAGAAGAAATTCATCTCGTGATTGCCGATTCGATCGACCTAAATTCATTGGATAAAGAGCAAATTACAAGTAGAAAAATCCCGAGGAATCGGCATGGAAGAATTGCGCATATCTCCGGCCGATCCGAGGGGAAGTCCGGCGAAAGAGCAGCAGGCCGCCGGCGTTGGAATTCTTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985976
ATGGAAGAATTGCGCATATCTCCGGCCGATCCGAGGGGAAGTCCGGCGAAAGAGCAGCAGGCCGCCGGCGTTGGAATTCTTCTTCAGATAATGATGCTCGTCTTATCGTTTGTTCTCGGCCACGTTCTCCGCCGCCATCGCTTTTATTACCTTCCCGAAGCTAGTGCTTCCCTTTTGATCGGTTTGATCGTGGGTGGACTGGCCAATGTTTCCAATACGGAGAATAGCATCAGGTCATGGTTCAATTTCCATGAGGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765209.1
MEELRISPADPRGSPAKEQQAAGVGILLQIMMLVLSFVLGHVLRRHRFYYLPEASASLLIGLIVGGLANVSNTENSIRSWFNFHEEFFFLFLLPPIIFQSGFSLQPKPFFSNFGAIVTFAIFGTFVASMVTGILVYLAGVSYLIYRLPFVECLMFGALISATDPVTVLSIFQELGTDVNLYALVFGESVLNDAMAISLYRTMSLVRSHMSSDQNFFMVVVRFLETFVGSMSAGVGVGFTSALLFKYAGLDIDNLQNLECC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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