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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001303

染色体: Chr05 坐标: 11252143-11254400 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001303
名称SmilChr05G001303
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向11252143 - 11254400 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986005
GeneID130986005
locus_tag-
NCBI NameLOC130986005
原始查询LOC130986005

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=39.6; qcov=0.873; evalue=2.18e-136; confidence=medium
RiceOs10g0495200 (Rf4)
-
identity=31.4; qcov=0.862; evalue=5.77e-86; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986005

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057765243.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057765243.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765243.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765243.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765243.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:11252527 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr5:11252614 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr5:11252717 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:11252914 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr5:11253361 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:11253456 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr5:11253771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C14,C32,C45,C68
Chr5:11253829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:11253890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr5:11254053 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B91
Chr5:11254053 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 1 B91
Chr5:11254083 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765243.1
607 aa
N
1
304
607
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
C
PF13812 PPR_3 67-121 aa PF13041 PPR_2 79-127 aa PF01535 PPR 83-111 aa PF12854 PPR_1 146-174 aa PF01535 PPR 153-175 aa PF23276 TPR_24 205-311 aa PF13812 PPR_3 209-265 aa PF12854 PPR_1 220-249 aa PF13041 PPR_2 220-269 aa PF01535 PPR 224-253 aa PF12854 PPR_1 251-284 aa PF13041 PPR_2 255-304 aa PF01535 PPR 258-288 aa PF13812 PPR_3 279-336 aa PF12854 PPR_1 288-319 aa PF13041 PPR_2 291-338 aa PF01535 PPR 293-323 aa PF23276 TPR_24 311-422 aa PF12854 PPR_1 321-354 aa PF13041 PPR_2 325-366 aa PF01535 PPR 328-358 aa PF13812 PPR_3 348-404 aa PF12854 PPR_1 356-385 aa PF13041 PPR_2 360-408 aa PF01535 PPR 363-393 aa PF12854 PPR_1 391-424 aa PF13041 PPR_2 396-444 aa PF01535 PPR 399-426 aa PF13812 PPR_3 419-475 aa PF12854 PPR_1 427-456 aa PF01535 PPR 434-463 aa PF13812 PPR_3 453-512 aa PF12854 PPR_1 461-492 aa PF13041 PPR_2 465-514 aa PF01535 PPR 469-497 aa PF23276 TPR_24 473-580 aa PF13812 PPR_3 490-543 aa PF12854 PPR_1 497-528 aa PF13041 PPR_2 500-548 aa PF01535 PPR 504-533 aa PF13812 PPR_3 524-581 aa PF01535 PPR 539-568 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765243.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 67 121 6.2e-60 199.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765243.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 79 127 5.6e-155 504.1 PPR repeat family
XP_057765243.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 83 111 2.3e-96 310.3 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 146 174 9.6e-119 387.5 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 153 175 2.3e-96 310.3 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 205 311 3.5e-34 118.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057765243.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 209 265 6.2e-60 199.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765243.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 220 249 9.6e-119 387.5 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 220 269 5.6e-155 504.1 PPR repeat family
XP_057765243.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 224 253 2.3e-96 310.3 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 251 284 9.6e-119 387.5 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 255 304 5.6e-155 504.1 PPR repeat family
XP_057765243.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 258 288 2.3e-96 310.3 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 279 336 6.2e-60 199.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765243.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 288 319 9.6e-119 387.5 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 291 338 5.6e-155 504.1 PPR repeat family
XP_057765243.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 293 323 2.3e-96 310.3 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 311 422 3.5e-34 118.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057765243.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 321 354 9.6e-119 387.5 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 325 366 5.6e-155 504.1 PPR repeat family
XP_057765243.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 328 358 2.3e-96 310.3 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 348 404 6.2e-60 199.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765243.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 356 385 9.6e-119 387.5 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 360 408 5.6e-155 504.1 PPR repeat family
XP_057765243.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 363 393 2.3e-96 310.3 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 391 424 9.6e-119 387.5 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 396 444 5.6e-155 504.1 PPR repeat family
XP_057765243.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 399 426 2.3e-96 310.3 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 419 475 6.2e-60 199.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765243.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 427 456 9.6e-119 387.5 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 434 463 2.3e-96 310.3 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 453 512 6.2e-60 199.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765243.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 461 492 9.6e-119 387.5 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 465 514 5.6e-155 504.1 PPR repeat family
XP_057765243.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 469 497 2.3e-96 310.3 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 473 580 3.5e-34 118.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057765243.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 490 543 6.2e-60 199.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765243.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 497 528 9.6e-119 387.5 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 500 548 5.6e-155 504.1 PPR repeat family
XP_057765243.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 504 533 2.3e-96 310.3 PPR repeat
XP_057765243.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 524 581 6.2e-60 199.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765243.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 539 568 2.3e-96 310.3 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909260.1
TTTGTAAGCAGCTCTGTGAGGGTAAGGTATCGCTCCCCTCCCCAAATAAAAAAAAATTAACCACCCCTAACGAAGCCAGCACAAATTTATTGCAAAATAAGTCTATTCTAATTGCCATCACACCTCAAAAAGCCAAAAAAAAAAGAAAACAAAGAAATGAGGAGAAGCGTTGCTGTTTCTGCAATTGATGTGATTCGTGGAAGAGTATTTTTTGCAGCTCCATTTTCGCATAAATTTGGTATTCTCTCTCCTCCATTGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986005
ATGAGGAGAAGCGTTGCTGTTTCTGCAATTGATGTGATTCGTGGAAGAGTATTTTTTGCAGCTCCATTTTCGCATAAATTTGGTATTCTCTCTCCTCCATTGTCTTTCTTTTCTTTCAATTTTTATAGCAATCGACCTTTTTCTCGTAAGGTGCCCAGAATAGATTTCAGTTGTGTTAAAGAATTAGATGATGCTATTCGCTTGTTTCAAGAAATGAAGATAATGCGGCCGCAGCCTTCTGTTCCCACGTACAACAATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765243.1
MRRSVAVSAIDVIRGRVFFAAPFSHKFGILSPPLSFFSFNFYSNRPFSRKVPRIDFSCVKELDDAIRLFQEMKIMRPQPSVPTYNNLLSITVKMKQYSFALHMFDEMRRMGTPVNHFTFAISINCYCLLKRVDFGFAVMGICFKSGYEPNVATFTTLIKGLFFDDKVTDAVKLFLTILDFRICKPNDVMVLTVIDGLCKCRQILVARDLVRRLERARWRPDVKSYNALINRLCKCGMVDDAFQLLSKMVGKGITPDVVSY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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