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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001321

染色体: Chr05 坐标: 11347204-11350472 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001321
名称SmilChr05G001321
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向11347204 - 11350472 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986019
GeneID130986019
locus_tag-
NCBI NameLOC130986019
原始查询LOC130986019

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G16480 (AT1G16480)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838218]
identity=55.6; qcov=0.911; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0680200
-
identity=42.9; qcov=0.729; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986019

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057765267.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765267.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765267.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765267.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765267.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:11347599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C44,C73,D6
Chr5:11347677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B38,B39,B76,C53
Chr5:11348045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B24
Chr5:11348046 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B76,C53
Chr5:11348196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr5:11348448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr5:11348583 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B111,B131
Chr5:11348615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr5:11348744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr5:11348933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B93,C64,C66,D10
Chr5:11348967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr5:11349118 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765267.1
1028 aa
N
1
514
1028
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 87-113 aa PF01535 PPR 116-145 aa PF13041 PPR_2 214-261 aa PF01535 PPR 217-246 aa PF13812 PPR_3 239-298 aa PF01535 PPR 318-344 aa PF01535 PPR 391-415 aa PF01535 PPR 419-448 aa PF01535 PPR 492-519 aa PF13041 PPR_2 519-557 aa PF01535 PPR 520-549 aa PF01535 PPR 623-650 aa PF01535 PPR 724-752 aa PF13041 PPR_2 724-768 aa PF13812 PPR_3 725-767 aa PF01535 PPR 758-784 aa PF20431 E_motif 838-899 aa PF14432 DYW_deaminase 936-1028 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 87 113 4.3e-79 256.1 PPR repeat
XP_057765267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 116 145 4.3e-79 256.1 PPR repeat
XP_057765267.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 214 261 6e-76 251.1 PPR repeat family
XP_057765267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 217 246 4.3e-79 256.1 PPR repeat
XP_057765267.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 239 298 7.8e-30 103.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 318 344 4.3e-79 256.1 PPR repeat
XP_057765267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 391 415 4.3e-79 256.1 PPR repeat
XP_057765267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 419 448 4.3e-79 256.1 PPR repeat
XP_057765267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 492 519 4.3e-79 256.1 PPR repeat
XP_057765267.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 519 557 6e-76 251.1 PPR repeat family
XP_057765267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 520 549 4.3e-79 256.1 PPR repeat
XP_057765267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 623 650 4.3e-79 256.1 PPR repeat
XP_057765267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 724 752 4.3e-79 256.1 PPR repeat
XP_057765267.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 724 768 6e-76 251.1 PPR repeat family
XP_057765267.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 725 767 7.8e-30 103.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765267.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 758 784 4.3e-79 256.1 PPR repeat
XP_057765267.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 838 899 6e-16 59.2 E motif
XP_057765267.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 936 1028 1.4e-40 137.7 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909284.1
TTGTGCCTAAATGATCTCGTATGTAAAAGCTATTCACACTTCCGTAGTTATTATTGAAGTGAATGCGCCATTTCTTGCTGTTTTTTCAAACACTTCCTTCCTTGATTCTACGACGATTTTATGCTGGTTAGGCACACCAAGAAGAAGCTCTCACCTTTCAAGTTTGAGTCTTCCTTCAAATTCTCAACTACAGATTCATCTCTAAAATGCAGAAAAGATCCCAACAACCATATGGTTCAATGCATTATAAACAATCCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986019
ATGCTGGTTAGGCACACCAAGAAGAAGCTCTCACCTTTCAAGTTTGAGTCTTCCTTCAAATTCTCAACTACAGATTCATCTCTAAAATGCAGAAAAGATCCCAACAACCATATGGTTCAATGCATTATAAACAATCCTCATCCAGAAATCTCTGGTTTTTTCCAGAAAGGCTTTTCGCTTATCACAAACGAAGCCGTGGGAAAATCAGTGCATGCTGTGTGCGTCAAGGGATGGACTCATCTAAGCATTTTTCACACCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765267.1
MLVRHTKKKLSPFKFESSFKFSTTDSSLKCRKDPNNHMVQCIINNPHPEISGFFQKGFSLITNEAVGKSVHAVCVKGWTHLSIFHTNTLINMYSKHGNITYAKQVFDTMPERNEASWNNMISGFVKAGFNLDACRLFLDMWRQGFELNGYNIPSLLTAFSRSGSMFLEGRQMHSLVLKMGLSHDVFIATSLLHFYGGYGLVSDAEMLFEQLPDRNVVSWTSLMVNCANSGLFYKVVDLYRRMRHEGMSCNKNTFTTVISS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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