Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001323`

染色体: Chr05 坐标: 11354476-11356705 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001323`
名称	SmilChr05G001323
描述	transcription factor MYB58
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	11354476 - 11356705 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986020`
GeneID	`130986020`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986020`
原始查询	`LOC130986020`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor MYB58
产物	transcription factor MYB58
Arabidopsis	`AT1G79180` (MYB63) myb domain protein 63 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844259] identity=73.9; qcov=0.636; evalue=5.98e-72; confidence=high
Rice	`Os02g0695200` (OsMYB58/63-L) - identity=77; qcov=0.581; evalue=3.72e-68; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986020

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765269.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765269.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765269.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765269.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057765269.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:11354907`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B84,B99,C75,C87
`Chr5:11354934`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C23
`Chr5:11354991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr5:11355048`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B78,C23,C26
`Chr5:11355135`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,C18,C29
`Chr5:11355490`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	11	A7,B123,B36,B57,B75,C34,C36,C50,C59,C7,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765269.1

217 aa

108

217

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

PF00249 Myb_DNA-binding 17-63 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 19-78 aa PF00249 Myb_DNA-binding 69-114 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 72-123 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765269.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	17	63	3.9e-36	123.6	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057765269.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	19	78	1.2e-22	80.5	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057765269.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	69	114	3.9e-36	123.6	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057765269.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	72	123	1.2e-22	80.5	Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909286.1
ACGTAAATAGGCAAAACTAAACTTTCTAACAATTTAGGTATCTCTATTGATTTTAGAATAAAGAAAAAACAATATTATTTTCCATATCCATACGACTCCAAATGTAAATTTATTTTGGTGATTTGTAATTTAAACAATGAATATTCTGAAAAAAATGAGGCGATCGATATAGAGAATCTTCCAAAAGCGGCAGTGAGGAATTATGGGTATTCAAGTCTTCTGTAATTATCCTCCAATCACAAATAAAGAATAGTAAATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986020
ATGGGCGGAGGCAGAGCCCCTTGCTGCGATAAGACAAAGGTGAGGACCGGCCCATGGAGCCCTGCAGAGGACTTGAGGCTTATAAATTTCATCCAAAAACATGGTCACAGTAACTGGCGCGCGCTCCCTAAACAAGCCGGTCTATTGCGATGTGGAAAGAGTTGTCGGTTGAGGTGGATTAATTACCTAAGACCTGACGTCAAACGAGGCAACTTCACACCCGAAGAAGAAAATACAATAATCCAACTCCATAATTCTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765269.1
MGGGRAPCCDKTKVRTGPWSPAEDLRLINFIQKHGHSNWRALPKQAGLLRCGKSCRLRWINYLRPDVKRGNFTPEEENTIIQLHNSIGNKWSKIASCLPGRTDNEIKNVWNTHLKKRGNCKKKSDDEDSSPAEKQAASSVSHSPKHALPEVGDDDDFWHVLAPLLHDDDDDNVGAEEVEIGKWLRILENELGLSGDAQPEILVDFSASQSDHHYLGI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器