当前解析结果
SmilChr05G001337| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001337 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001337 |
| 描述 | molybdenum cofactor sulfurase |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 11773230 - 11788061 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986037 |
|---|---|
| GeneID | 130986037 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986037 |
| 原始查询 | LOC130986037 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | molybdenum cofactor sulfurase |
| 产物 | molybdenum cofactor sulfurase |
| Arabidopsis | AT1G16540 (ABA3)molybdenum cofactor sulfurase (LOS5) (ABA3) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838224] identity=59.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0670000 (MCSU3)- identity=57.8; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0006777 (Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process); GO:0008265 (molybdenum cofactor sulfurtransferase activity); GO:0030151 (molybdenum ion binding); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding) |
| KEGG | smil00790 (Folate biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00266 (Aminotran_5); PF03473 (MOSC); PF03476 (MOSC_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986037 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057765284.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057765284.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765284.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765284.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765284.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:11773475 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B24,B79 |
Chr5:11774134 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B138,B18,B97 |
Chr5:11775465 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr5:11775502 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B88,C35 |
Chr5:11775886 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr5:11775936 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr5:11775940 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr5:11775973 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
Chr5:11777378 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C44,C73,C82,D6 |
Chr5:11777582 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B74 |
Chr5:11778540 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B88,C35 |
Chr5:11778782 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B76 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765284.1PF00266
Aminotran_5 42-488 aa
PF03476
MOSC_N 526-643 aa
PF03473
MOSC 674-810 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765284.1 |
Pfam | PF00266 |
Aminotran_5 | Domain | 42 | 488 | 5.1e-30 | 105.4 | Aminotransferase class-V |
XP_057765284.1 |
Pfam | PF03476 |
MOSC_N | Domain | 526 | 643 | 4.1e-19 | 69.3 | MOSC N-terminal beta barrel domain |
XP_057765284.1 |
Pfam | PF03473 |
MOSC | Domain | 674 | 810 | 1.2e-18 | 68.0 | MOSC domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
6 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。