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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001337

染色体: Chr05 坐标: 11773230-11788061 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001337
名称SmilChr05G001337
描述molybdenum cofactor sulfurase
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向11773230 - 11788061 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986037
GeneID130986037
locus_tag-
NCBI NameLOC130986037
原始查询LOC130986037

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述molybdenum cofactor sulfurase
产物molybdenum cofactor sulfurase
ArabidopsisAT1G16540 (ABA3)
molybdenum cofactor sulfurase (LOS5) (ABA3) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838224]
identity=59.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0670000 (MCSU3)
-
identity=57.8; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006777 (Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process); GO:0008265 (molybdenum cofactor sulfurtransferase activity); GO:0030151 (molybdenum ion binding); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding)
KEGGsmil00790 (Folate biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00266 (Aminotran_5); PF03473 (MOSC); PF03476 (MOSC_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986037

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765284.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765284.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765284.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765284.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765284.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:11773475 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B24,B79
Chr5:11774134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,B18,B97
Chr5:11775465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:11775502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B88,C35
Chr5:11775886 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr5:11775936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr5:11775940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr5:11775973 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr5:11777378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C44,C73,C82,D6
Chr5:11777582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr5:11778540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B88,C35
Chr5:11778782 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765284.1
816 aa
N
1
408
816
Aminotran_5
MOSC_N
MOSC
C
PF00266 Aminotran_5 42-488 aa PF03476 MOSC_N 526-643 aa PF03473 MOSC 674-810 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765284.1 Pfam PF00266 Aminotran_5 Domain 42 488 5.1e-30 105.4 Aminotransferase class-V
XP_057765284.1 Pfam PF03476 MOSC_N Domain 526 643 4.1e-19 69.3 MOSC N-terminal beta barrel domain
XP_057765284.1 Pfam PF03473 MOSC Domain 674 810 1.2e-18 68.0 MOSC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089145.1
CCATTTATGGAAACGACCCGAGTCCTTTTAAAGCCCAATGAACACCACCGCACCGACTTCCAAGATTATTGAATTTAAGAGTCTTTATACCAGCCCTCAAAAAAAAAAAAAAGAATCTTTATACCAAGGATTTTGTTTTGATCGTTGTCTGACAGCGAGCTTCAGCTGGTTTGGTTTAGTTAGCCGTCTTCAAATTTTCTTTCTGTCTGAACGAAATATTTGAGCGTTAGAGTCGAAAGATGGGTGGCGAACCCGATAAG...
XR_009089146.1
ATTTATGGAAACGACCCGAGTCCTTTTAAAGCCCAATGAACACCACCGCACCGACTTCCAAGATTATTGAATTTAAGAGTCTTTATACCAGCCCTCAAAAAAAAAAAAAAGAATCTTTATACCAAGGATTTTGTTTTGATCGTTGTCTGACAGCGAGCTTCAGCTGGTTTGGTTTAGTTAGCCGTCTTCAAATTTTCTTTCTGTCTGAACGAAATATTTGAGCGTTAGAGTCGAAAGATGGGTGGCGAACCCGATAAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986037
ATGGGTGGCGAACCCGATAAGGAACGGTTCTTGAAGGAGTTTGGTCGAGATTATGGATATCCGAATGCACCCCACAACATTGATGACATCAGAGCAAATGATTTTAAGCGATTGAATGATGTAGTGTACTTGGATCATGCTGGAGCAACTCTATATTCCGAGTCGCAAATGCAGGGTATTTTTAAGGACCTGAGTTCTACTCTATATGGAAATCCCCATAGCCAGAGTAATTGCAGTTTGACGACCAGCGACATTGTGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765284.1
MGGEPDKERFLKEFGRDYGYPNAPHNIDDIRANDFKRLNDVVYLDHAGATLYSESQMQGIFKDLSSTLYGNPHSQSNCSLTTSDIVGEVRQQILSFFNASPTEYNCIFTSGATSSLKLVGETFPWSSRSNYMYTMENHNSVLGIREYALREGAAAIAVDIEDIADFHTTSGRKSVIKIVPHTVQRRGEADCRKIHETSETYNLFAFPSECNFSGLRFNLDLVNSIKEGSYQMPGTSPTQSGHWMVLIDAAKGSSTCPPDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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