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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001343

染色体: Chr05 坐标: 11847040-11851164 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001343
名称SmilChr05G001343
描述elongation factor 2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向11847040 - 11851164 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986041
GeneID130986041
locus_tag-
NCBI NameLOC130986041
原始查询LOC130986041

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述elongation factor 2
产物elongation factor 2
ArabidopsisAT1G56070 (LOS1)
Ribosomal protein S5/Elongation factor G/III/V family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842058]
identity=93.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0519900
-
identity=92.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003746 (translation elongation factor activity); GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005829 (cytosol); GO:0006414 (translational elongation); GO:0043022 (ribosome binding); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex)
KEGG-
PfamPF00009 (GTP_EFTU); PF00679 (EFG_C); PF03144 (GTP_EFTU_D2); PF03764 (EFG_IV); PF14492 (EFG_III); PF22042 (EF-G_D2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986041

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765293.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057765293.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057765293.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765293.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765293.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:11848291 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C65
Chr5:11848291 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C65
Chr5:11848540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B84,C13,C75,C87,D9
Chr5:11848645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B9,C44,C68,D6
Chr5:11848657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,C44,C73,D6
Chr5:11848702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B131,D10
Chr5:11848917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr5:11849065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr5:11849170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr5:11850031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B48,C54,C74
Chr5:11850090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,C36
Chr5:11850133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,C44,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765293.1
843 aa
N
1
422
843
GTP_EFTU
EF-G_D2
GTP_EFTU_D2
EFG_III
EFG_IV
EFG_C
C
PF00009 GTP_EFTU 18-227 aa PF22042 EF-G_D2 379-469 aa PF03144 GTP_EFTU_D2 394-462 aa PF14492 EFG_III 487-549 aa PF03764 EFG_IV 610-721 aa PF00679 EFG_C 724-811 aa
XP_057765294.1
843 aa
N
1
422
843
GTP_EFTU
EF-G_D2
GTP_EFTU_D2
EFG_III
EFG_IV
EFG_C
C
PF00009 GTP_EFTU 18-227 aa PF22042 EF-G_D2 379-469 aa PF03144 GTP_EFTU_D2 394-462 aa PF14492 EFG_III 487-549 aa PF03764 EFG_IV 610-721 aa PF00679 EFG_C 724-811 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765293.1 Pfam PF00009 GTP_EFTU Domain 18 227 6.6e-49 166.8 Elongation factor Tu GTP binding domain
XP_057765293.1 Pfam PF22042 EF-G_D2 Domain 379 469 1.4e-06 29.1 Elongation factor G domain 2
XP_057765293.1 Pfam PF03144 GTP_EFTU_D2 Domain 394 462 2.6e-09 38.1 Elongation factor Tu domain 2
XP_057765293.1 Pfam PF14492 EFG_III Domain 487 549 6.6e-12 46.0 Elongation Factor G, domain III
XP_057765293.1 Pfam PF03764 EFG_IV Domain 610 721 9e-30 103.7 Elongation factor G, domain IV
XP_057765293.1 Pfam PF00679 EFG_C Domain 724 811 3.6e-21 75.7 Elongation factor G C-terminus
XP_057765294.1 Pfam PF00009 GTP_EFTU Domain 18 227 6.6e-49 166.8 Elongation factor Tu GTP binding domain
XP_057765294.1 Pfam PF22042 EF-G_D2 Domain 379 469 1.4e-06 29.1 Elongation factor G domain 2
XP_057765294.1 Pfam PF03144 GTP_EFTU_D2 Domain 394 462 2.6e-09 38.1 Elongation factor Tu domain 2
XP_057765294.1 Pfam PF14492 EFG_III Domain 487 549 6.6e-12 46.0 Elongation Factor G, domain III
XP_057765294.1 Pfam PF03764 EFG_IV Domain 610 721 9e-30 103.7 Elongation factor G, domain IV
XP_057765294.1 Pfam PF00679 EFG_C Domain 724 811 3.6e-21 75.7 Elongation factor G C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909310.1
TAACTGCAATTTGTTCCTTATATTAGGGTTTGAGCAATTCCACCGCCTCACACTTTATATCTTGGTCAGCTCATTGCTCACTCTCCGTTTGCAGCCTCGAGACTATCTAACCCTCCCATCTAAAGTAATTTGGCTGACTTGTGAAACTATAAGAATTCATCAAAATGGTGAAGTTCACAGCAGATGAGCTCCGTGCAATTATGGACCACAAGCATAACATTCGTAACATGTCTGTTATTGCCCATGTTGATCATGGGAAG...
XM_057909311.1
CTCACACTTTATATCTTGGTCAGCTCATTGCTCACTCTCCGTTTGCAGCCTCGAGACTATCTAACCCTCCCATCTAAAGTGAGTTTTTCTCTCGCTTGATTGCCTTTCTCCAGTTGGGTGCTTGATTTATCGTGAATTAACTTGGAATTGTAATTTGGCTGACTTGTGAAACTATAAGAATTCATCAAAATGGTGAAGTTCACAGCAGATGAGCTCCGTGCAATTATGGACCACAAGCATAACATTCGTAACATGTCTGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986041
ATGGTGAAGTTCACAGCAGATGAGCTCCGTGCAATTATGGACCACAAGCATAACATTCGTAACATGTCTGTTATTGCCCATGTTGATCATGGGAAGTCCACTCTTACAGATTCTCTTGTTGCCGCTGCTGGAATTATTGCCCAAGAGGTTGCTGGGGATGTCAGAATGACAGACACTCGAGCTGATGAGGCCGAACGCGGCATCACTATCAAGTCAACTGGTATCTCATTGTATTATCAAATGACTGATGAGTCCTTGAA...
LOC130986041
ATGGTGAAGTTCACAGCAGATGAGCTCCGTGCAATTATGGACCACAAGCATAACATTCGTAACATGTCTGTTATTGCCCATGTTGATCATGGGAAGTCCACTCTTACAGATTCTCTTGTTGCCGCTGCTGGAATTATTGCCCAAGAGGTTGCTGGGGATGTCAGAATGACAGACACTCGAGCTGATGAGGCCGAACGCGGCATCACTATCAAGTCAACTGGTATCTCATTGTATTATCAAATGACTGATGAGTCCTTGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057765293.1
MVKFTADELRAIMDHKHNIRNMSVIAHVDHGKSTLTDSLVAAAGIIAQEVAGDVRMTDTRADEAERGITIKSTGISLYYQMTDESLKSYKGERHLNDYLINLIDSPGHVDFSSEVTAALRITDGALVVVDCVEGVCVQTETVLRQALGERIRPVLTVNKMDRCFLELQVDGEEAYQTFQRVIENANVIMATYEDPLLGDVQVYPEKGTVAFSAGLHGWAFTLTNFAKMYAAKFGVDESKMMERLWGENFFDPATKKWTAK...
XP_057765294.1
MVKFTADELRAIMDHKHNIRNMSVIAHVDHGKSTLTDSLVAAAGIIAQEVAGDVRMTDTRADEAERGITIKSTGISLYYQMTDESLKSYKGERHLNDYLINLIDSPGHVDFSSEVTAALRITDGALVVVDCVEGVCVQTETVLRQALGERIRPVLTVNKMDRCFLELQVDGEEAYQTFQRVIENANVIMATYEDPLLGDVQVYPEKGTVAFSAGLHGWAFTLTNFAKMYAAKFGVDESKMMERLWGENFFDPATKKWTAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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