Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001361`

染色体: Chr05 坐标: 12107727-12108395 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001361`
名称	SmilChr05G001361
描述	60S ribosomal protein L27-3-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	12107727 - 12108395 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986055`
GeneID	`130986055`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986055`
原始查询	`LOC130986055`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L27-3-like
产物	60S ribosomal protein L27-3-like
Arabidopsis	`AT4G15000` (AT4G15000) Ribosomal L27e protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827159] identity=80; qcov=1; evalue=1.91e-79; confidence=high
Rice	`Os10g0564300` - identity=76.5; qcov=1.01; evalue=4.28e-75; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01777 (Ribosomal_L27e)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986055

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057765308.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057765308.1`
3	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057765308.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057765308.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765308.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:12107906`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:12107993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr5:12108149`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B79,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765308.1

135 aa

135

Ribosomal_L27e

PF01777 Ribosomal_L27e 11-135 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765308.1`	Pfam	`PF01777`	Ribosomal_L27e	Domain	11	135	3.2e-46	157.3	Ribosomal L27e protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909325.1
CATCCGAATTAAAAATGGAGAAAAACCCTAGGACATTTTCCCCAAACTCATATATAATCGAAATCGCACTCAAAACCCTAATTTCCCGATCGGCCTCTCACCTCCACACTCACAGACGCTCCAACAATGGTGAAATTCTTGAAGGCAAACAAGGCGGTCGTCCTCCTCCAAGGGCGGTACGCCGGCCAGAAGGCTACCATCGTGAAGAACTTCGACGATGGAACTCGCGATCGCCCCTACGGTCACTGCCTCGTCGCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986055
ATGGTGAAATTCTTGAAGGCAAACAAGGCGGTCGTCCTCCTCCAAGGGCGGTACGCCGGCCAGAAGGCTACCATCGTGAAGAACTTCGACGATGGAACTCGCGATCGCCCCTACGGTCACTGCCTCGTCGCCGGCATCGCCAAGTACCCGAGCAAGGTCATCCGCAAGGATTCGGCCAAGAAGCAGGCGAAGAAGTCGCGCGTGAAGGCGTTTATGAAGCTGGTGAATTACAATCACATCATGCCCACGCGCTACACGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765308.1
MVKFLKANKAVVLLQGRYAGQKATIVKNFDDGTRDRPYGHCLVAGIAKYPSKVIRKDSAKKQAKKSRVKAFMKLVNYNHIMPTRYTLDVDLKDVVSVDALVSRDKKVSACKEVKSRFEERFKTGKNRWFFSKLRF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器