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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001366

染色体: Chr05 坐标: 12137121-12139180 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001366
名称SmilChr05G001366
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g79080, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向12137121 - 12139180 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986060
GeneID130986060
locus_tag-
NCBI NameLOC130986060
原始查询LOC130986060

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g79080, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g79080%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G79080 (AT1G79080)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844249]
identity=60.8; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0565400 (WSL4)
-
identity=38; qcov=0.836; evalue=4.82e-104; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986060

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057765314.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057765314.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765314.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765314.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765314.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:12137765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr5:12137964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:12138451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr5:12138514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr5:12138609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B10,B29,B67,C51
Chr5:12138681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr5:12138695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr5:12138705 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B19,B51,D9
Chr5:12138723 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr5:12138804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr5:12138807 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr5:12138833 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765314.1
567 aa
N
1
284
567
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR
C
PF01535 PPR 105-125 aa PF17177 PPR_long 108-212 aa PF12854 PPR_1 125-157 aa PF13041 PPR_2 128-176 aa PF01535 PPR 132-160 aa PF23276 TPR_24 144-260 aa PF13812 PPR_3 152-209 aa PF12854 PPR_1 161-190 aa PF13041 PPR_2 164-209 aa PF01535 PPR 166-196 aa PF13812 PPR_3 191-243 aa PF13041 PPR_2 198-247 aa PF01535 PPR 201-230 aa PF12854 PPR_1 229-260 aa PF13041 PPR_2 233-282 aa PF01535 PPR 236-266 aa PF13812 PPR_3 256-313 aa PF12854 PPR_1 264-297 aa PF13041 PPR_2 268-316 aa PF01535 PPR 271-298 aa PF12854 PPR_1 303-330 aa PF01535 PPR 306-335 aa PF13812 PPR_3 327-382 aa PF13041 PPR_2 339-381 aa PF01535 PPR 343-372 aa PF01535 PPR 413-441 aa PF13041 PPR_2 413-456 aa PF13812 PPR_3 432-487 aa PF12854 PPR_1 440-472 aa PF01535 PPR 446-475 aa PF13041 PPR_2 478-524 aa PF01535 PPR 483-510 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765314.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 105 125 2.6e-64 209.8 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 108 212 5.2e-28 98.6 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057765314.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 125 157 1.1e-87 288.1 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 128 176 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057765314.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 132 160 2.6e-64 209.8 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 144 260 4.2e-25 88.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057765314.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 152 209 3.2e-46 156.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765314.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 161 190 1.1e-87 288.1 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 164 209 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057765314.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 166 196 2.6e-64 209.8 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 191 243 3.2e-46 156.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765314.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 198 247 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057765314.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 201 230 2.6e-64 209.8 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 229 260 1.1e-87 288.1 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 233 282 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057765314.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 236 266 2.6e-64 209.8 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 256 313 3.2e-46 156.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765314.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 264 297 1.1e-87 288.1 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 268 316 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057765314.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 271 298 2.6e-64 209.8 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 303 330 1.1e-87 288.1 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 306 335 2.6e-64 209.8 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 327 382 3.2e-46 156.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765314.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 339 381 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057765314.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 343 372 2.6e-64 209.8 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 413 441 2.6e-64 209.8 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 413 456 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057765314.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 432 487 3.2e-46 156.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057765314.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 440 472 1.1e-87 288.1 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 446 475 2.6e-64 209.8 PPR repeat
XP_057765314.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 478 524 8.8e-106 346.6 PPR repeat family
XP_057765314.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 483 510 2.6e-64 209.8 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909331.1
TAGATTTGGTGCTGGCCCAGAATGGAAAAGATAGTGGAAGAGATAATGGGTAAATTTGAGGCCCAGCCCACAATAGGAATTAAGTTATGGATAACATTAGCATGAGCGATGAGGATTGAGGCGTTTCTCCCTCGTACAAATTTTCACCATTGAAGCCCGCCTTCCAATCATGCCACGACACAGAAAACTGCAAAGTTTCCCATATTAGTACTAGTTAATCAGAGTTGATATTCACTGCCATTCTCTATCCATGGCGATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986060
ATGGCGATTCTCTTCCATTCATCCTCTCCAATCACGAATTCGCCGCTAGAACGTGCAGGCTTCCGCGCGCAGGCGCAGGTACCTAAATTTCAGCCTCTCTCCTCTAACAATGGTTTTTCCAAAGCTATATCTTCAGCTCAGACAGCCATACCTCCGAAGGACGGCGTTTTCACGCTGCCGAATTGGAGATCTGGCCGAACCGACGCGAGAACTAGAGAACTTAGGGTAAACGATGCTTTCCTATATTTGGAATACATGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765314.1
MAILFHSSSPITNSPLERAGFRAQAQVPKFQPLSSNNGFSKAISSAQTAIPPKDGVFTLPNWRSGRTDARTRELRVNDAFLYLEYMVEKGHKPDVSNATQLLYDLCKTNKVRKATKVMEMMVKSGSIPDASAYTFLVNHLCRRGNVGHAMQLVETMEEYGYPTNTVTYNSLVRGLCMCGNLNKSLQFVERLMHKGLVPNAFTYSILLEAAYKERGVDEATGLLDDIISKGGNPNLVSYNVLLTGLCKEDRVEEAMKLFRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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