当前解析结果
SmilChr05G001371| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001371 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001371 |
| 描述 | NAC domain-containing protein 21/22-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 12227009 - 12229997 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986064 |
|---|---|
| GeneID | 130986064 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986064 |
| 原始查询 | LOC130986064 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain-containing protein 21/22-like |
| 产物 | NAC domain-containing protein 21/22-like |
| Arabidopsis | AT1G56010 (NAC1)NAC domain containing protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842052] identity=54.2; qcov=1.11; evalue=2.19e-106; confidence=high |
| Rice | Os06g0675600 (OsY37)- identity=50.2; qcov=1.08; evalue=2.4e-93; confidence=high |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986064 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057765326.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765326.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765326.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057765326.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057765326.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:12227188 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A9 |
Chr5:12227194 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A9 |
Chr5:12227194 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A9 |
Chr5:12227258 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr5:12229583 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,C70 |
Chr5:12229632 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B105,B16,B69,C30 |
Chr5:12229710 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A21 |
Chr5:12229710 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A21 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765326.1PF02365
NAM 12-136 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765326.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 12 | 136 | 8.4e-45 | 152.9 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。