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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002714

染色体: Chr01 坐标: 45393416-45398448 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002714
名称SmilChr01G002714
描述histone acetyltransferase type B catalytic subunit
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向45393416 - 45398448 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986081
GeneID130986081
locus_tag-
NCBI NameLOC130986081
原始查询LOC130986081

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone acetyltransferase type B catalytic subunit
产物histone acetyltransferase type B catalytic subunit
ArabidopsisAT5G56740 (HAG2)
histone acetyltransferase of the GNAT family 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835775]
identity=54.1; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0347800 (OsHAG704)
-
identity=47.8; qcov=1.01; evalue=4.96e-153; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0010485 (histone H4 acetyltransferase activity); GO:0031509 (subtelomeric heterochromatin formation); GO:0043967 (GO:0043967)
KEGG-
PfamPF00583 (Acetyltransf_1); PF10394 (Hat1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986081

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765343.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057765343.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765343.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765343.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765343.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:45393704 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:45393791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B75
Chr1:45393884 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B112,B15,B68,C23
Chr1:45393950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:45393962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:45394049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B12,B59
Chr1:45394479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr1:45398221 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr1:45398262 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 7 B24,B7,C35,C45,C58,C60,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765343.1
460 aa
N
1
230
460
Hat1_N
Acetyltransf_1
C
PF10394 Hat1_N 29-196 aa PF00583 Acetyltransf_1 214-276 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765343.1 Pfam PF10394 Hat1_N Domain 29 196 9.9e-28 98.1 Histone acetyl transferase HAT1 N-terminus
XP_057765343.1 Pfam PF00583 Acetyltransf_1 Family 214 276 5.9e-05 24.0 Acetyltransferase (GNAT) family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909360.1
AAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAGAAAGATGAGCTACTGAAATTCTCACGTGGAAGGCGTGTGGATGCGAAGACCCAAGACAGGGTAGCCTATAAATACAGAAGTTCCCGCCTCTAACAACAAACATTTCCCGCTCCTCATCTCAAAACCCTAATCTCCCAAAATGGGAACCAAGCACCACTCCTCTGATCTTGTCTCGGACAACAAGAAACGACGCCGTGCTGCCTTCTCCAAAATCGATACTGGGATTGAAGCCAATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986081
ATGGGAACCAAGCACCACTCCTCTGATCTTGTCTCGGACAACAAGAAACGACGCCGTGCTGCCTTCTCCAAAATCGATACTGGGATTGAAGCCAATGAGTGCATCAAGATTTACTTGGTTTCTAGCAAGGATGAAGTGGACTCTCAGAACAGTTTCCGAATTGAACCAGTTGACTTAAACCACTTTTTTGAAGATGAAGGAAAGATATACGGTTATCAGGGCCTGAAGATTACTGTTTGGCTTAGCAGTGTGTCCTTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765343.1
MGTKHHSSDLVSDNKKRRRAAFSKIDTGIEANECIKIYLVSSKDEVDSQNSFRIEPVDLNHFFEDEGKIYGYQGLKITVWLSSVSFHAYADISFESTSDGGKGITDLKTSLQNIFAENIVDGKDDFLQTFSTEQHYVKSLVSNSEGLREDTNNGCSGNSDRQLEEEPAHTEVFRVTGTGVGMLYSRLVPLVLLLVDGSNPIDVIDPRWEIYILVQKGQEDGCTRLLGFAAVYRFHKYPDTMRLRLGQILIIPPYQRKGYG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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