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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001395

染色体: Chr05 坐标: 12514301-12520239 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001395
名称SmilChr05G001395
描述probable WRKY transcription factor 2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向12514301 - 12520239 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986085
GeneID130986085
locus_tag-
NCBI NameLOC130986085
原始查询LOC130986085

查看完整 ID 对照表

已核对的文献基因名映射

这些条目来自人工核对的文献基因名与当前参考基因组的映射。置信度反映映射证据强度，不代表该功能已在本材料中完成实验验证。

文献基因名映射置信度映射证据文献功能摘要
SmWRKY2medium-highWebsite function annotation keyword: probable WRKY transcription factor 2Critical regulator of JA-induced tanshinone accumulation.

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable WRKY transcription factor 2
产物probable WRKY transcription factor 2
ArabidopsisAT5G56270 (WRKY2)
WRKY DNA-binding protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835726]
identity=47.7; qcov=1.06; evalue=6.87e-179; confidence=high
RiceOs08g0499300 (OsWRKY30)
-
identity=41.3; qcov=1.03; evalue=3.48e-130; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGGsmil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03106 (WRKY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986085

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765344.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765344.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765344.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765344.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057765344.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:12515749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:12515932 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr5:12515977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr5:12516878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr5:12516906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr5:12517674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:12517731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C60
Chr5:12517927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:12517928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,C78,C85
Chr5:12518441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr5:12518596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C44
Chr5:12518808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765344.1
726 aa
N
1
363
726
WRKY
WRKY
C
PF03106 WRKY 304-359 aa PF03106 WRKY 514-571 aa
XP_057765345.1
726 aa
N
1
363
726
WRKY
WRKY
C
PF03106 WRKY 304-359 aa PF03106 WRKY 514-571 aa
XP_057765346.1
726 aa
N
1
363
726
WRKY
WRKY
C
PF03106 WRKY 304-359 aa PF03106 WRKY 514-571 aa
XP_057765347.1
706 aa
N
1
353
706
WRKY
WRKY
C
PF03106 WRKY 304-359 aa PF03106 WRKY 514-571 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765344.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 304 359 3.7e-52 175.1 WRKY DNA -binding domain
XP_057765344.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 514 571 3.7e-52 175.1 WRKY DNA -binding domain
XP_057765345.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 304 359 3.7e-52 175.1 WRKY DNA -binding domain
XP_057765345.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 514 571 3.7e-52 175.1 WRKY DNA -binding domain
XP_057765346.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 304 359 3.7e-52 175.1 WRKY DNA -binding domain
XP_057765346.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 514 571 3.7e-52 175.1 WRKY DNA -binding domain
XP_057765347.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 304 359 3.4e-52 175.2 WRKY DNA -binding domain
XP_057765347.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 514 571 3.4e-52 175.2 WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909361.1
TTAAATTAAATTGATTTCTAATCACAATTTTCGGACAATAAATTAAATTATTTGAATCAGTGCTGATAATTGTCAGTGAGTGAAAGGTTTCTCATGTACTGCTACTACAACTGCTTATTTTCTTTCCAAGAAGATCCAAAAATCGTAACTCCCCAAACAAATCCCACCCTTTTTTTTCTATAGTTTTTTTCTTTTTAAAAAGAAAATCCTTTTGTCTCATCAGCAATCATATTTCTTGCTTACTGGTGAGCCATTTTCTA...
XM_057909364.1
TTAAATTAAATTGATTTCTAATCACAATTTTCGGACAATAAATTAAATTATTTGAATCAGTGCTGATAATTGTCAGTGAGTGAAAGGTTTCTCATGTACTGCTACTACAACTGCTTATTTTCTTTCCAAGAAGATCCAAAAATCGTAACTCCCCAAACAAATCCCACCCTTTTTTTTCTATAGTTTTTTTCTTTTTAAAAAGAAAATCCTTTTGTCTCATCAGCAATCATATTTCTTGCTTACTGGTGAGCCATTTTCTA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130986085
ATGCCCATGGGTGGATTTGATGATCACGTCGCTATTATGGGAGAATGGATGCCCCCAAGCCCTAATCCGGGGGCCTTTTTCCTATCAATGATGAACGATGATGTTGGAGCACGACTGGCTGTGGAATCTGATAGTGGAAATAGACGTGGGCCTGAACAACAAGGTACCTCCAGAAATGGTGATCAAAAGGATCAGAGTGAAGCTAGTTTCGGAGATGATGAAACCAACAACTGCAAAGCAGCGGGCGAACCAAAGTTGAG...
LOC130986085
ATGCCCATGGGTGGATTTGATGATCACGTCGCTATTATGGGAGAATGGATGCCCCCAAGCCCTAATCCGGGGGCCTTTTTCCTATCAATGATGAACGATGATGTTGGAGCACGACTGGCTGTGGAATCTGATAGTGGAAATAGACGTGGGCCTGAACAACAAGGTACCTCCAGAAATGGTGATCAAAAGGATCAGAGTGAAGCTAGTTTCGGAGATGATGAAACCAACAACTGCAAAGCAGCGGGCGAACCAAAGTTGAG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057765344.1
MPMGGFDDHVAIMGEWMPPSPNPGAFFLSMMNDDVGARLAVESDSGNRRGPEQQGTSRNGDQKDQSEASFGDDETNNCKAAGEPKLSSRGGLMERIAARAGFNAPRLNTENIRPSDLSKKPEVRSPYLTIPPGLSPTTLLDSPVFLSNSLVLPSPTTGKFSFASSGDYRDSTLMIGDSDKGKENNFEDINASSFAFKPITESASFPYLNATNKTFPSAGFTVHSNTSLQRQSIEPTKSHLANNSTLFQEASFSKSDLGNN...
XP_057765345.1
MPMGGFDDHVAIMGEWMPPSPNPGAFFLSMMNDDVGARLAVESDSGNRRGPEQQGTSRNGDQKDQSEASFGDDETNNCKAAGEPKLSSRGGLMERIAARAGFNAPRLNTENIRPSDLSKKPEVRSPYLTIPPGLSPTTLLDSPVFLSNSLVLPSPTTGKFSFASSGDYRDSTLMIGDSDKGKENNFEDINASSFAFKPITESASFPYLNATNKTFPSAGFTVHSNTSLQRQSIEPTKSHLANNSTLFQEASFSKSDLGNN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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