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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002715

染色体: Chr01 坐标: 45408880-45418329 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002715
名称SmilChr01G002715
描述deoxyhypusine synthase
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向45408880 - 45418329 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986097
GeneID130986097
locus_tag-
NCBI NameLOC130986097
原始查询LOC130986097

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述deoxyhypusine synthase
产物deoxyhypusine synthase
ArabidopsisAT5G05920 (DHS)
deoxyhypusine synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830477]
identity=87; qcov=0.975; evalue=6.57e-163; confidence=high
RiceOs03g0740600 (OSJNBa0057G07.4)
-
identity=83.1; qcov=0.971; evalue=8.86e-154; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0008612 (peptidyl-hypusine biosynthetic process); GO:0034038 (deoxyhypusine synthase activity)
KEGG-
PfamPF01916 (DS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986097

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765367.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057765367.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765367.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765367.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765367.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:45409762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C20
Chr1:45409824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B112,B15,B68,C23
Chr1:45409826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B112,B15,B68,C23
Chr1:45409883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr1:45409904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C65
Chr1:45410129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B123,B49
Chr1:45410193 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:45410775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765367.1
368 aa
N
1
184
368
DS
C
PF01916 DS 44-356 aa
XP_057765374.1
244 aa
N
1
122
244
DS
C
PF01916 DS 1-233 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765367.1 Pfam PF01916 DS Domain 44 356 7.9e-124 413.3 Deoxyhypusine synthase
XP_057765374.1 Pfam PF01916 DS Domain 1 233 2.1e-101 339.7 Deoxyhypusine synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909384.1
TGGCGAGAATAAAGGAATAAAGGCCCAATGTTGACCCATCAATTTTTTTTTGATCTCTCCATTCTTCGTCCCTCTCTCACTCACCGCTTCTCTCTCTAAAAAAAAAAATCAGCATATCTCTCCCTTCGTAAAATCCGGCGTCACTTCGCCGTCGACCATCACCAGGACCACCCTCGTCTCTCTATTCAATTTCTCTCTCTCACAATAGCCTCTTTCTCTCTCTCTCTCACAACCCCCGGTTCCGTCCCAGCTCTGCAAGC...
XM_057909391.1
GTCGTTGGAAGGCGCCTCCGCTAAAATTGAGGGCTACGATTTCAACAAGGGCATCGACTACCATGAGTTGCTCAAGTCCATGGCCGTCACTGGGTTCCAGGCTTCCAATCTCGGCGACGCCATCCAGCTAATTAACGAAATGATTGGAGGCTTTCTGATGAGACTCCAGCAGAAGATTCCAGCCAAGAGGAGAGAGAACCTGCATATAGAGACTCTGTGAGGTGCAAAGTGTTTCTTGGTTTTACTTCGAATCTGACCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986097
ATGGGAGAAGCTACAAGGTATACTCTACCCGAGACCGTACGATCAACGGTGTTCAAAGCATCCGAGTCGTTGGAAGGCGCCTCCGCTAAAATTGAGGGCTACGATTTCAACAAGGGCATCGACTACCATGAGTTGCTCAAGTCCATGGCCGTCACTGGGTTCCAGGCTTCCAATCTCGGCGACGCCATCCAGCTAATTAACGAAATGCTAGATTGGAGGCTTTCTGATGAGACTCCAGCAGAAGATTCCAGCCAAGAGGA...
LOC130986097
ATGGTTGATGTTGTGGTAACCACAGCAGGTGGTGTGGAGGAGGACCTTGTTAAGTGCCTTGCACCGACTTATAGAGGCGACTTTTCTCTGCCTGGAGCTGTTCTACGCTCAAAGGGTCTGAACCGCATTGGTAATTTGTTGGTTCCTAATGACAATTACTGTAAATTTGAGGATTGGATCATCCCTGTTTTTGATCAGATGTTAGATGAGCAAAAATCTCAGAATGTACTGTGGACGCCTTCTAAAGTAATTGCACGTCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057765367.1
MGEATRYTLPETVRSTVFKASESLEGASAKIEGYDFNKGIDYHELLKSMAVTGFQASNLGDAIQLINEMLDWRLSDETPAEDSSQEEREPAYRDSVRCKVFLGFTSNLTSSGIRDIIRFLVQHRMVDVVVTTAGGVEEDLVKCLAPTYRGDFSLPGAVLRSKGLNRIGNLLVPNDNYCKFEDWIIPVFDQMLDEQKSQNVLWTPSKVIARLGKEINDETSYLYWAYKNNIPVFCPSLTDGSLGDMLYFHSFKNPGLVVDI...
XP_057765374.1
MVDVVVTTAGGVEEDLVKCLAPTYRGDFSLPGAVLRSKGLNRIGNLLVPNDNYCKFEDWIIPVFDQMLDEQKSQNVLWTPSKVIARLGKEINDETSYLYWAYKNNIPVFCPSLTDGSLGDMLYFHSFKNPGLVVDIVQDIRAMNSEAVHAGPRKTGMIILGGGLPKHHICNANMMRNGADYAVFINTAQEFDGSDSGARPDEAVSWGKIRGSAKTVKVHCDATIAFPLLVAETFAQRKGFAETS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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