当前解析结果
SmilChr01G002715| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002715 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002715 |
| 描述 | deoxyhypusine synthase |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 45408880 - 45418329 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986097 |
|---|---|
| GeneID | 130986097 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986097 |
| 原始查询 | LOC130986097 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | deoxyhypusine synthase |
| 产物 | deoxyhypusine synthase |
| Arabidopsis | AT5G05920 (DHS)deoxyhypusine synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830477] identity=87; qcov=0.975; evalue=6.57e-163; confidence=high |
| Rice | Os03g0740600 (OSJNBa0057G07.4)- identity=83.1; qcov=0.971; evalue=8.86e-154; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008612 (peptidyl-hypusine biosynthetic process); GO:0034038 (deoxyhypusine synthase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01916 (DS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986097 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057765367.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057765367.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765367.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765367.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765367.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:45409762 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B80,C20 |
Chr1:45409824 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B108,B112,B15,B68,C23 |
Chr1:45409826 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B108,B112,B15,B68,C23 |
Chr1:45409883 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B132 |
Chr1:45409904 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,C65 |
Chr1:45410129 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B123,B49 |
Chr1:45410193 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr1:45410775 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765367.1PF01916
DS 44-356 aa
XP_057765374.1PF01916
DS 1-233 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765367.1 |
Pfam | PF01916 |
DS | Domain | 44 | 356 | 7.9e-124 | 413.3 | Deoxyhypusine synthase |
XP_057765374.1 |
Pfam | PF01916 |
DS | Domain | 1 | 233 | 2.1e-101 | 339.7 | Deoxyhypusine synthase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。