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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001422`

染色体: Chr05 坐标: 12902050-12908325 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001422`
名称	SmilChr05G001422
描述	protein DNA-DAMAGE INDUCIBLE 1
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	12902050 - 12908325 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986113`
GeneID	`130986113`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986113`
原始查询	`LOC130986113`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein DNA-DAMAGE INDUCIBLE 1
产物	protein DNA-DAMAGE INDUCIBLE 1
Arabidopsis	`AT3G13235` (DDI1) ubiquitin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820522] identity=74.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0198600` - identity=71.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF00240 (ubiquitin); PF00627 (UBA); PF09668 (Asp_protease); PF11976 (Rad60-SLD); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF24669 (Ddi2_HDD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986113

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765388.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057765388.1`
3	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057765388.1`
4	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057765388.1`
5	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057765388.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:12902794`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr5:12904251`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B110,B19
`Chr5:12904251`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B110,B19
`Chr5:12905731`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr5:12906651`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:12908074`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C35,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765388.1

412 aa

206

412

Rad60-SLD

ubiquitin

Ddi2_HDD

Asp_protease

Asp_protease_2

gag-asp_proteas

UBA

PF11976 Rad60-SLD 1-68 aa PF00240 ubiquitin 3-70 aa PF24669 Ddi2_HDD 99-166 aa PF09668 Asp_protease 195-303 aa PF13650 Asp_protease_2 206-293 aa PF13975 gag-asp_proteas 206-297 aa PF00627 UBA 376-408 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765388.1`	Pfam	`PF11976`	Rad60-SLD	Family	1	68	7.9e-08	32.7	Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
`XP_057765388.1`	Pfam	`PF00240`	ubiquitin	Domain	3	70	2.3e-15	56.8	Ubiquitin family
`XP_057765388.1`	Pfam	`PF24669`	Ddi2_HDD	Domain	99	166	1.1e-08	35.7	Ddi2 HDD domain
`XP_057765388.1`	Pfam	`PF09668`	Asp_protease	Domain	195	303	2.1e-47	160.5	Aspartyl protease
`XP_057765388.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	206	293	1.3e-10	42.5	Aspartyl protease
`XP_057765388.1`	Pfam	`PF13975`	gag-asp_proteas	Domain	206	297	1.6e-18	67.7	gag-polyprotein putative aspartyl protease
`XP_057765388.1`	Pfam	`PF00627`	UBA	Domain	376	408	4e-09	36.8	UBA/TS-N domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909405.1
TAAAAGAGAAGAAAGTCGTCCTCTCAATCAAAATTTGTCAACAACAGGTTTTACCGCAGCCGAAAAGTTACCGCCGAGGAAAATATTTGAAGAAGTAAACCGACCAATTTCCTAGAAAGCCATCAGTCAACGGTGACGAAGATAACTTTCGGCAGTAGTAAAGTATCCGCTAATGCTGTAGGAGAAAATCTAAAGCTTCCTCTCGTTAATACATAACTTAATACTATTAATTTTGGATAGCGCAATCTCATTCGTCGAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986113
ATGAAGATCACTGTCATGACCACCGACGAGCAAATCGTCACGCTAGAAGTCGATCGCGACGAATCGGTTGAGAACTTGAAAGCTCTGCTTGAAGTTGAGACTCAGGTGCCGCTGCAGCAACAACAATTGCTACATAATGGAAAGGAAATGAGGAATTCTGAGAAATTGAGTGCTCTCTCTATTGCTGATGGAGATTTGGTTATGATGGTTCCGAACGCCACGCAGTCTTCTGGTTCAAGAGCTGGGGCACCTTCAAGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765388.1
MKITVMTTDEQIVTLEVDRDESVENLKALLEVETQVPLQQQQLLHNGKEMRNSEKLSALSIADGDLVMMVPNATQSSGSRAGAPSSEAVGFNPDGSAVNPSAFQQQLRSDSNLMAQLFQRDPELAQAILGNDLNRLQDILRARHRQKSELRRQQEEEMALLYADPFDVEAQKKIEASIRQKGIDENWAAALEYNPEAFARVVMLYVDMEVNGVPLKAFVDSGAQSTIISKGCAERLGLLRLLDTRYKGIAHGVGQSEILG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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