当前解析结果
SmilChr05G001424| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001424 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001424 |
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein At1g55760 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 12911891 - 12913775 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986114 |
|---|---|
| GeneID | 130986114 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986114 |
| 原始查询 | LOC130986114 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein At1g55760 |
| 产物 | BTB/POZ domain-containing protein At1g55760 |
| Arabidopsis | AT1G55760 (AT1G55760)BTB/POZ domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842025] identity=64.8; qcov=0.994; evalue=4.57e-160; confidence=high |
| Rice | Os08g0495500- identity=57.9; qcov=0.988; evalue=1.38e-130; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00651 (BTB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986114 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057765389.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057765389.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057765389.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765389.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765389.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:12912454 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B101,B136,B96 |
Chr5:12912454 |
T |
TC |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B101,B136,B96 |
Chr5:12912458 |
T |
TGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B101,B136,B96 |
Chr5:12912458 |
T |
TGC |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | B101,B136,B96 |
Chr5:12912538 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,B33,B68,C48 |
Chr5:12912572 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr5:12913735 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 20 | A20,B100,B103,B127,B129,B15,B46,B5,B56,B61,B97,B98,C19,C29,C44,C52,C55,C58,C9,D3 |
Chr5:12913739 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 14 | A20,B100,B103,B127,B129,B15,B46,B5,B56,B61,B98,C52,C55,C9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765389.1PF00651
BTB 156-260 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765389.1 |
Pfam | PF00651 |
BTB | Domain | 156 | 260 | 6.5e-22 | 78.5 | BTB/POZ domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。