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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001426

染色体: Chr05 坐标: 12965545-12966240 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001426
名称SmilChr05G001426
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 47-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向12965545 - 12966240 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986117
GeneID130986117
locus_tag-
NCBI NameLOC130986117
原始查询LOC130986117

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 47-like
产物heavy metal-associated isoprenylated plant protein 47-like
ArabidopsisAT3G20180 (AT3G20180)
Copper transport protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821562]
identity=36.9; qcov=1.08; evalue=4.89e-16; confidence=low
RiceOs04g0464100
-
identity=47.2; qcov=0.788; evalue=5.09e-16; confidence=low
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986117

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765391.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057765391.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057765391.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765391.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765391.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:12965685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr5:12965733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr5:12966118 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 119 A1,A11,A14,A15,A22,A23,A25,A3,A4,A8,A9,B10,B100,B104,B105,B108,B112,B113,B115,B119,B120,B121,B123,B128,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B138,B139,B16,B17,B20,B25,B26,B27,B28,B30,B35,B36,B4,B44,B45,B48,B49,B5,B52,B54,B55,B57,B58,B69,B70,B71,B72,B76,B80,B81,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B94,C1,C10,C12,C14,C15,C16,C17,C2,C20,C22,C23,C24,C26,C27,C29,C30,C32,C34,C36,C38,C42,C45,C47,C5,C50,C52,C53,C54,C61,C63,C64,C66,C67,C7,C70,C71,C72,C73,C76,C80,C82,C84,C85,C86,C87,D10,D11,D3,D4,D6
Chr5:12966119 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 4 A11,B33,B68,C48
Chr5:12966119 AT A 1bp_deletion CDS_variant 4 A11,B33,B68,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909408.1
TGTCCCTTACAACTTAATTCATATATATATGTATATACAAGTAGAGTAGACAAATATAAATTTGGCTTAATCTCTCATATTAAGGACCAAGTTTCTGCAAAGCTAATTCAGGGATTGAAAATGAAGCGAAAGATTGTGATCAAAGTGCCGATGCATAAAGACAAGGACAAATCCAAAGCCATGAAGATTGTTGTCGCTGAAGAAGGAGTGATCTCAGTGAGTATCGGAAAAGAAAATGATGTGCTTGAAGTGATCGGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986117
ATGAAGCGAAAGATTGTGATCAAAGTGCCGATGCATAAAGACAAGGACAAATCCAAAGCCATGAAGATTGTTGTCGCTGAAGAAGGAGTGATCTCAGTGAGTATCGGAAAAGAAAATGATGTGCTTGAAGTGATCGGAGAAGGGGTTGATTCTGTGTGTTTGGCCAAATCTCTTAGGAAGAAATTCTGTTTTGCTGATATTGTAAGCGTTGCGGAAGTTAAGCCGCCGGCGCCGCCATCGCCGGAAAAGTGCCTCCTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765391.1
MKRKIVIKVPMHKDKDKSKAMKIVVAEEGVISVSIGKENDVLEVIGEGVDSVCLAKSLRKKFCFADIVSVAEVKPPAPPSPEKCLLQPCFYPPTPLYEWQYYDRGPTNNCSIM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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