当前解析结果
SmilChr05G001477| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001477 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001477 |
| 描述 | NAD-dependent protein deacetylase SRT1 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 13540999 - 13550008 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986168 |
|---|---|
| GeneID | 130986168 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986168 |
| 原始查询 | LOC130986168 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAD-dependent protein deacetylase SRT1 |
| 产物 | NAD-dependent protein deacetylase SRT1 |
| Arabidopsis | AT5G55760 (SRT1)sirtuin 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835670] identity=69.4; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0271000 (osSRT701)- identity=59.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0070403 (NAD+ binding) |
| KEGG | smil00760 (Nicotinate and nicotinamide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02146 (SIR2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986168 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057765463.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057765463.1 |
| 3 | Nucleolus | 核仁 | 0.20000 | XP_057765463.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765463.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057765463.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:13541311 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr5:13541333 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr5:13541463 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B135 |
Chr5:13544850 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,B33,B68,C48 |
Chr5:13546246 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,D4 |
Chr5:13546265 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B61,B8 |
Chr5:13547563 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,B33,B68,C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765463.1PF02146
SIR2 87-216 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765463.1 |
Pfam | PF02146 |
SIR2 | Family | 87 | 216 | 1.4e-28 | 100.7 | Sir2 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。