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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001495

染色体: Chr05 坐标: 13714768-13716974 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001495
名称SmilChr05G001495
描述salviol synthase-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向13714768 - 13716974 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986187
GeneID130986187
locus_tag-
NCBI NameLOC130986187
原始查询LOC130986187

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述salviol synthase-like
产物salviol synthase-like
ArabidopsisAT3G26300 (CYP71B34)
cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822234]
identity=38.7; qcov=0.968; evalue=4.05e-121; confidence=medium
RiceOs01g0377000
-
identity=44.3; qcov=0.945; evalue=1.75e-144; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986187

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057765489.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057765489.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765489.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765489.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765489.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:13715374 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:13715485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr5:13715537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B132,B33,B68,C48
Chr5:13715623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C23
Chr5:13715630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,D6
Chr5:13715674 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:13715738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr5:13715746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B29,B3,B59,C38
Chr5:13716033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C23
Chr5:13716157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C54
Chr5:13716197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr5:13716198 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765489.1
507 aa
N
1
254
507
p450
C
PF00067 p450 45-481 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765489.1 Pfam PF00067 p450 Domain 45 481 1.8e-97 327.7 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909506.1
TTAACAAAAACAAAGAAAATAAAAATGCAAGGAACCTGATTGGGCGGTGAATAGACGCGCCGCTCTATGAGCCCGGTGCAGAAATGGGAGGCGGGCTCGCGAGCCGGAGAAGCGGCAATGGGGGCAGGCGCGGAATCAGGGGGCTCGAGTCAATTTTCAAGCCCCCATTGCGGATGCTCTAAGTTTTTTAATATAAAGTGTAAAATGTTTAGTATGAATTATCTTAATGGACAATTTTTATTTAACCTATTTCAATTTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986187
ATGCACCACATCCTGACCATGGAGATCCCCGTTCCATCTCTAGTGTTATGCATCTCATTCATGTTGTCCACTCTCATACTCTTGAAAATCATAAGAAAATTATTGGAAACCAAAGATTCAAATGGAAAATTCCCTCCGGGGCCATGGAAGCTGCCCTTGATCGGAAACATACACAATCTGGTGGGCGATGTTCCTCATCGCGCGCTTCACCAGCTTGCCCAGAAGTTGGGCCCCATGATGGGCCTTGAGCTTGGTGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765489.1
MHHILTMEIPVPSLVLCISFMLSTLILLKIIRKLLETKDSNGKFPPGPWKLPLIGNIHNLVGDVPHRALHQLAQKLGPMMGLELGEVSVVVISSADAAKQIMKTHDINFASRPPIITAEIISYGCTSITFSPHADYWRQLRKLCTLELLSNKRVQSFRSLREEVFADLSRWIASMEGSSINLTAELYNSTYALISRATLGDHTKQHEALLPILKEVMELSGGFDIAEWFPSIKVLQRVSRLRRRVMALHKEADKILEDIV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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