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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001520

染色体: Chr05 坐标: 13924249-13926447 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001520
名称SmilChr05G001520
描述probable serine/threonine-protein kinase WNK11
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向13924249 - 13926447 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986212
GeneID130986212
locus_tag-
NCBI NameLOC130986212
原始查询LOC130986212

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase WNK11
产物probable serine/threonine-protein kinase WNK11
ArabidopsisAT5G55560 (AT5G55560)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835650]
identity=78.4; qcov=0.942; evalue=4.23e-174; confidence=high
RiceOs07g0584100 (OsWNK5)
-
identity=67.2; qcov=0.929; evalue=1.06e-145; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986212

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765518.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765518.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057765518.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057765518.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057765518.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:13924871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr5:13924995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B117,B140,B46
Chr5:13925521 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765518.1
295 aa
N
1
148
295
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 26-277 aa PF00069 Pkinase 26-281 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765518.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 26 277 7.2e-38 131.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057765518.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 26 281 2.7e-52 178.5 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909535.1
CTACAATTCTAGTCGAAGTAGAAGTGCAGTCAACTGAATTCAATTTTCCTTATTTAATCCCCATCAAATTCACGTGACCGGGTAAATAAAATCCCAAAAACCTATATATACAGCAGCCCCAACACTTCTTACTTTTGCCTTTGCTTTGTTTCAGCAGTGTTGAGGGTCAAGCGCCGCGCCTTTTTCTCTCACTCTCTTCCTTCGCCGGAGAAGAATCGGATTTACCCTTTCTTCCGATCAACCACCTACGATGGCTAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986212
ATGGCTAGTGATGTGGGCGATGAAGATAAGGAAGCATTCGTGGAGGTTGATCCGACCGGTCGTTACGGGCGGTATGAGGAGCTGCTGGGCGCAGGGGCCGTGAAGAAAGTGTATAGAGCCTTCGACCAAGAAGAAGGCATCGAGGTGGCGTGGAACCAAGTTAAACTACGCAATTTGAGCGATAACGAGGGCATGATCAACCGCCTGTATTCGGAGGTTGGATTACTGCGGAAGCTGAGGAACAAGAATATCATCTCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765518.1
MASDVGDEDKEAFVEVDPTGRYGRYEELLGAGAVKKVYRAFDQEEGIEVAWNQVKLRNLSDNEGMINRLYSEVGLLRKLRNKNIISLYSVWRDERRNTLNFITEVCTSGNLREYRKKHKHVSTKALKKWSRQILKGLDYLHTHEPCIIHRDLNCSNVFMNGNIGQVKIGDFGLAVTVGRSHVAHSVIGTPEFMAPELYDEDYTELIDIYSFGMCLLELVTLELPYSECENVAKIYRKVTSGLRPEAMKKVKDPEVLAFIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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