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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001523

染色体: Chr05 坐标: 13943212-13947443 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001523
名称SmilChr05G001523
描述heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向13943212 - 13947443 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986215
GeneID130986215
locus_tag-
NCBI NameLOC130986215
原始查询LOC130986215

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1-like
产物heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1-like
ArabidopsisAT3G07810 (AT3G07810)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819972]
identity=55; qcov=1.05; evalue=2.91e-165; confidence=high
RiceOs11g0637700 (RBPA)
-
identity=61.8; qcov=0.983; evalue=2.82e-180; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00076 (RRM_1); PF16367 (RRM_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986215

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765520.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057765520.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057765520.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057765520.1
5 P-body P-body 0.20000 XP_057765520.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:13944194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B53
Chr5:13944272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr5:13944286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B47,C71,D8
Chr5:13944347 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:13944679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr5:13944719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B101,B27,B70
Chr5:13944741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,D9
Chr5:13944843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr5:13944855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr5:13945126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B58,D9
Chr5:13945174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B101,B27,B70
Chr5:13945217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B79,B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765520.1
491 aa
N
1
246
491
RRM_1
RRM_7
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF16367 RRM_7 106-177 aa PF00076 RRM_1 108-165 aa
XP_057765521.1
491 aa
N
1
246
491
RRM_1
RRM_7
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF16367 RRM_7 106-177 aa PF00076 RRM_1 108-165 aa
XP_057765522.1
491 aa
N
1
246
491
RRM_1
RRM_7
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF16367 RRM_7 106-177 aa PF00076 RRM_1 108-165 aa
XP_057765525.1
476 aa
N
1
238
476
RRM_1
RRM_7
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF16367 RRM_7 106-177 aa PF00076 RRM_1 108-165 aa
XP_057765526.1
476 aa
N
1
238
476
RRM_1
RRM_7
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 8-75 aa PF16367 RRM_7 106-177 aa PF00076 RRM_1 108-165 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765520.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 1.8e-34 118.1 RNA recognition motif
XP_057765520.1 Pfam PF16367 RRM_7 Domain 106 177 3.6e-14 53.2 RNA recognition motif
XP_057765520.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 108 165 1.8e-34 118.1 RNA recognition motif
XP_057765521.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 1.8e-34 118.1 RNA recognition motif
XP_057765521.1 Pfam PF16367 RRM_7 Domain 106 177 3.6e-14 53.2 RNA recognition motif
XP_057765521.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 108 165 1.8e-34 118.1 RNA recognition motif
XP_057765522.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 1.8e-34 118.1 RNA recognition motif
XP_057765522.1 Pfam PF16367 RRM_7 Domain 106 177 3.6e-14 53.2 RNA recognition motif
XP_057765522.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 108 165 1.8e-34 118.1 RNA recognition motif
XP_057765525.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 1.6e-34 118.3 RNA recognition motif
XP_057765525.1 Pfam PF16367 RRM_7 Domain 106 177 3.2e-14 53.4 RNA recognition motif
XP_057765525.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 108 165 1.6e-34 118.3 RNA recognition motif
XP_057765526.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 8 75 1.6e-34 118.3 RNA recognition motif
XP_057765526.1 Pfam PF16367 RRM_7 Domain 106 177 3.2e-14 53.4 RNA recognition motif
XP_057765526.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 108 165 1.6e-34 118.3 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909542.1
ATTGTTGTTACAACAAACATTTTGGGAAGAATGTCATAATCACCCCTCTTTTTCCTCTCTTCCTAATACTACTATATTTATATTGCTTGTATATAAAAAAATATAAATAATATCTCCTCTCATCTAAGCTAAGGAATTCCATTTCTTCTGATTTTGTTTAAAAGGAGTGGAATAACCAAGAAAAAGAAAGGAAGAGAAGGACCTTTGGGAGGGGAGAGAGAAGAGAGGAGAGAGAAAGGAAAGTGAGAGGATGAGCATAC...
XM_057909538.1
GAATGTCATAATCACCCCTCTTTTTCCTCTCTTCCTAATACTACTATATTTATATTGCTTGTATATAAAAAAATATAAATAATATCTCCTCTCATCTAAGCTAAGGAATTCCATTTCTTCTGATTTTGTTTAAAAGGAGTGGAATAACCAAGAAAAAGAAAGGAAGAGAAGGACCTTTGGGAGGGGAGAGAGAAGAGAGGAGAGAGAAAGGAAAGTGAGAGGATGAGCATACCCTCTGTTTTCATTTATGTATATTCCTC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130986215
ATGGAGGTGGATCAAGGTAAGCTCTTTATTGGTGGGATATCCTGGGACACAAATGAGGATCGTCTTAAAGATTATTTTGAAACATATGGGGATGTTGTGGAGGCAGTGATCATGAGAGACCGAACCACCGGTCGTGCTCGTGGCTTTGGATTTGTTGTCTTTGCAGACCCTGCCATTGCTGAGAGGGTGGTAAAGGAGAAGCACATGATTGATGGACGAACTGTGGAAGCTAAGAAAGCTGTTCCAAGGGATGACCAGCA...
LOC130986215
ATGGAGGTGGATCAAGGTAAGCTCTTTATTGGTGGGATATCCTGGGACACAAATGAGGATCGTCTTAAAGATTATTTTGAAACATATGGGGATGTTGTGGAGGCAGTGATCATGAGAGACCGAACCACCGGTCGTGCTCGTGGCTTTGGATTTGTTGTCTTTGCAGACCCTGCCATTGCTGAGAGGGTGGTAAAGGAGAAGCACATGATTGATGGACGAACTGTGGAAGCTAAGAAAGCTGTTCCAAGGGATGACCAGCA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057765520.1
MEVDQGKLFIGGISWDTNEDRLKDYFETYGDVVEAVIMRDRTTGRARGFGFVVFADPAIAERVVKEKHMIDGRTVEAKKAVPRDDQHLINRNNGSMQGSPGPGRTKKIFVGGLASTISESDFKTYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYDSEDAVDRVLHKTFHELNGKMVEVKRAVPKELSPGPSRSPLVGYNYGFTRANNFLNNYAQGYNLSSVGGYGVRMDGRYSPLASGRAGFSHFGSPAYGLGVNMEQGL...
XP_057765521.1
MEVDQGKLFIGGISWDTNEDRLKDYFETYGDVVEAVIMRDRTTGRARGFGFVVFADPAIAERVVKEKHMIDGRTVEAKKAVPRDDQHLINRNNGSMQGSPGPGRTKKIFVGGLASTISESDFKTYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYDSEDAVDRVLHKTFHELNGKMVEVKRAVPKELSPGPSRSPLVGYNYGFTRANNFLNNYAQGYNLSSVGGYGVRMDGRYSPLASGRAGFSHFGSPAYGLGVNMEQGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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