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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001525

染色体: Chr05 坐标: 13962947-13965893 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001525
名称SmilChr05G001525
描述uncharacterized SmilChr05G001525
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向13962947 - 13965893 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986217
GeneID130986217
locus_tag-
NCBI NameLOC130986217
原始查询LOC130986217

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835647]; symbol=AT5G55530; hit=AT5G55530; species=arabidopsis; confidence=high
产物Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835647]; symbol=AT5G55530; hit=AT5G55530; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G55530 (AT5G55530)
Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835647]
identity=57.3; qcov=1.01; evalue=3.52e-157; confidence=high
RiceOs03g0194100
-
identity=51.3; qcov=0.894; evalue=1.61e-125; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986217

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057765528.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057765528.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057765528.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057765528.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057765528.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:13963285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B38,B39,B79,B86
Chr5:13963465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr5:13963486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:13963654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B7,C11,C69,C82,D3
Chr5:13963657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,D9
Chr5:13964351 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr5:13964406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr5:13964431 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765528.1
432 aa
N
1
216
432
C2
C
PF00168 C2 54-156 aa
XP_057765529.1
432 aa
N
1
216
432
C2
C
PF00168 C2 54-156 aa
XP_057765530.1
432 aa
N
1
216
432
C2
C
PF00168 C2 54-156 aa
XP_057765531.1
432 aa
N
1
216
432
C2
C
PF00168 C2 54-156 aa
XP_057765532.1
432 aa
N
1
216
432
C2
C
PF00168 C2 54-156 aa
XP_057765533.1
432 aa
N
1
216
432
C2
C
PF00168 C2 54-156 aa
XP_057765535.1
432 aa
N
1
216
432
C2
C
PF00168 C2 54-156 aa
XP_057765536.1
432 aa
N
1
216
432
C2
C
PF00168 C2 54-156 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765528.1 Pfam PF00168 C2 Domain 54 156 2.3e-11 44.5 C2 domain
XP_057765529.1 Pfam PF00168 C2 Domain 54 156 2.3e-11 44.5 C2 domain
XP_057765530.1 Pfam PF00168 C2 Domain 54 156 2.3e-11 44.5 C2 domain
XP_057765531.1 Pfam PF00168 C2 Domain 54 156 2.3e-11 44.5 C2 domain
XP_057765532.1 Pfam PF00168 C2 Domain 54 156 2.3e-11 44.5 C2 domain
XP_057765533.1 Pfam PF00168 C2 Domain 54 156 2.3e-11 44.5 C2 domain
XP_057765535.1 Pfam PF00168 C2 Domain 54 156 2.3e-11 44.5 C2 domain
XP_057765536.1 Pfam PF00168 C2 Domain 54 156 2.3e-11 44.5 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909546.1
ACGTTTCCTTATCGCGTGACTATTCAATCCGCCCACAAATTTCAGTAAAAAAAAATTGTAAAGCTTAAAGAAAAACTGAACACAAAAATAAAAAATCGTCCATTGTATTTTATATATTCCCCAACACGGATCACAACGACACAGGATTTCCGACAGGCTTCAATCCCGTTATTTTGTTTTGAAGCGTACTCATGGACTCCCCTCAATCGGTTGTTTCACCACTCAAGAGCTCTTTCCCTGAGTCCGAGAAACAGCATAGC...
XM_057909545.1
TGTAAAGCTTAAAGAAAAACTGAACACAAAAATAAAAAATCGTCCATTGTATTTTATATATTCCCCAACACGGATCACAACGACACAGGATTTCCGACAGGCTTCAATCCCGTAATCTTCTCTCACTAGATTTTTATTCTTTCTTTCCACTGTATTACGCCTCGAGCACTCTGCTTTCTTCGTCTTGCCAAAAGAGCTATCTTTTCTTTCTTTTTTTCTTTGGATTTTCGCCTCAGATTCTGCAGAAAAATCGATTTGAC...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130986217
ATGGACTCCCCTCAATCGGTTGTTTCACCACTCAAGAGCTCTTTCCCTGAGTCCGAGAAACAGCATAGCAATCTTTTGGCAGAAAAGTCGAGCCTCTTCTCAAGGGAAATCAATTTCCAGAGGAAGGGAAGTGCAGTGGGTAACTTGGAGGAGTTCCTAGGTGCTCTGGAGGTGTACATACACCAAGCTAGGGATATTCACAACATTTGCATCTATCAAAAACAAGATGTTTATGCTAAACTTTGTGTGACTAGTGATCC...
LOC130986217
ATGGACTCCCCTCAATCGGTTGTTTCACCACTCAAGAGCTCTTTCCCTGAGTCCGAGAAACAGCATAGCAATCTTTTGGCAGAAAAGTCGAGCCTCTTCTCAAGGGAAATCAATTTCCAGAGGAAGGGAAGTGCAGTGGGTAACTTGGAGGAGTTCCTAGGTGCTCTGGAGGTGTACATACACCAAGCTAGGGATATTCACAACATTTGCATCTATCAAAAACAAGATGTTTATGCTAAACTTTGTGTGACTAGTGATCC...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057765528.1
MDSPQSVVSPLKSSFPESEKQHSNLLAEKSSLFSREINFQRKGSAVGNLEEFLGALEVYIHQARDIHNICIYQKQDVYAKLCVTSDPEKTVSTKIINGGGANPIFNENVSLNVRKVNSSLKCEIWMLSRVRNYLEDQLLGFALVPISEVLLHNGKLEKEFSLSSTDLFHSPAGFVQLSVSYIGVPPEVIPIPAPPTSVETDSMTRDTESIKSVPDDMDKIEFPDPNVANENHQMVEEYFGMPCSNVDSPSSDSLVSSDTE...
XP_057765529.1
MDSPQSVVSPLKSSFPESEKQHSNLLAEKSSLFSREINFQRKGSAVGNLEEFLGALEVYIHQARDIHNICIYQKQDVYAKLCVTSDPEKTVSTKIINGGGANPIFNENVSLNVRKVNSSLKCEIWMLSRVRNYLEDQLLGFALVPISEVLLHNGKLEKEFSLSSTDLFHSPAGFVQLSVSYIGVPPEVIPIPAPPTSVETDSMTRDTESIKSVPDDMDKIEFPDPNVANENHQMVEEYFGMPCSNVDSPSSDSLVSSDTE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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