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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001555

染色体: Chr05 坐标: 14273826-14279752 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001555
名称SmilChr05G001555
描述phosphatidate cytidylyltransferase 3-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向14273826 - 14279752 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986245
GeneID130986245
locus_tag-
NCBI NameLOC130986245
原始查询LOC130986245

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidate cytidylyltransferase 3-like
产物phosphatidate cytidylyltransferase 3-like
ArabidopsisAT4G26770 (AT4G26770)
Phosphatidate cytidylyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828784]
identity=78.6; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0758400
-
identity=72; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004605 (phosphatidate cytidylyltransferase activity); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane)
KEGGsmil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01148 (CTP_transf_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986245

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057765579.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057765579.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765579.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765579.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765579.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:14274918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr5:14274920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C60
Chr5:14275773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B38,B39
Chr5:14276442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr5:14276472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C23
Chr5:14277988 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:14277991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr5:14278033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C60
Chr5:14279230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:14279468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765579.1
428 aa
N
1
214
428
CTP_transf_1
C
PF01148 CTP_transf_1 55-385 aa
XP_057765580.1
428 aa
N
1
214
428
CTP_transf_1
C
PF01148 CTP_transf_1 55-385 aa
XP_057765581.1
428 aa
N
1
214
428
CTP_transf_1
C
PF01148 CTP_transf_1 55-385 aa
XP_057765582.1
376 aa
N
1
188
376
CTP_transf_1
C
PF01148 CTP_transf_1 3-333 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765579.1 Pfam PF01148 CTP_transf_1 Family 55 385 1.1e-77 262.1 Cytidylyltransferase family
XP_057765580.1 Pfam PF01148 CTP_transf_1 Family 55 385 1.1e-77 262.1 Cytidylyltransferase family
XP_057765581.1 Pfam PF01148 CTP_transf_1 Family 55 385 1.1e-77 262.1 Cytidylyltransferase family
XP_057765582.1 Pfam PF01148 CTP_transf_1 Family 3 333 1.4e-76 258.6 Cytidylyltransferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909597.1
GAGGCATCGAAGTAGCACCGATTTTTCCGTTAACTTGTTCATCCACACAATTACACTTCATTTTTCTTAATCATCTCGTATTTTCACATAATCCACTACAACAATGTTGCTTTTACTCTGATTTCTTATTCCACTCTACATTGGGAAAGCAAATTTTGCAGTCCAAGATTCACAAATTCTATACTATATCAATCACATGTATTTGTCAAAAAGGGGCTTTCCATTTATATGTTACTCATGAAAAATCCTTCAGGGGGAGA...
XM_057909598.1
GAGGCATCGAAGTAGCACCGATTTTTCCGTTAACTTGTTCATCCACACAATTACACTTCATTTTTCTTAATCATCTCGTATTTTCACATAATCCACTACAACAATGTTGCTTTTACTCTGATTTCTTATTCCACTCTACATTGGGAAAGCAAATTTTGCAGTCCAAGATTCACAAATTCTATACTATATCAATCACATGTATTTGTCAAAAAGGGGGAGAGTAAAGTTTCAAGATGAAGCAAAAGGAACAAAGCCCACCA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130986245
ATGAAGCAAAAGGAACAAAGCCCACCACCTTCTCCATGCACACCTTCCGGTCGACTTCGTCAGCGCAGACATTCGAAGTCACAAGAGGTGTTCCCTGATGTAAGCAAATTGAATGGAGGCAACTTACTTGTTCATGATCAAAATAAATATAGGTCCATGTGGGTTCGGACGTATTCTTCTTTATGGATGCTTGGGGGTGTTGTACTTATTCTGTATTTGGGCCATCTGTATATTTGTGCAATGGTGGTCGTTATCCAAAT...
LOC130986245
ATGAAGCAAAAGGAACAAAGCCCACCACCTTCTCCATGCACACCTTCCGGTCGACTTCGTCAGCGCAGACATTCGAAGTCACAAGAGGTGTTCCCTGATGTAAGCAAATTGAATGGAGGCAACTTACTTGTTCATGATCAAAATAAATATAGGTCCATGTGGGTTCGGACGTATTCTTCTTTATGGATGCTTGGGGGTGTTGTACTTATTCTGTATTTGGGCCATCTGTATATTTGTGCAATGGTGGTCGTTATCCAAAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057765579.1
MKQKEQSPPPSPCTPSGRLRQRRHSKSQEVFPDVSKLNGGNLLVHDQNKYRSMWVRTYSSLWMLGGVVLILYLGHLYICAMVVVIQILMASELFHLRRIVHESKRLPGFWLINWYFFFTAMLYVYGRILRQHLVNTVTSDKFFYKLVNGLFKYHMVICYFMYIAGVMWFILTLKKKMYKYQFGQYAWTHMILIVVFTQSSFTVANIFEGIFWFILPASLIAINDVAAYFFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGSFATVL...
XP_057765580.1
MKQKEQSPPPSPCTPSGRLRQRRHSKSQEVFPDVSKLNGGNLLVHDQNKYRSMWVRTYSSLWMLGGVVLILYLGHLYICAMVVVIQILMASELFHLRRIVHESKRLPGFWLINWYFFFTAMLYVYGRILRQHLVNTVTSDKFFYKLVNGLFKYHMVICYFMYIAGVMWFILTLKKKMYKYQFGQYAWTHMILIVVFTQSSFTVANIFEGIFWFILPASLIAINDVAAYFFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGSFATVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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