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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001558

染色体: Chr05 坐标: 14287915-14288623 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001558
名称SmilChr05G001558
描述uncharacterized SmilChr05G001558
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向14287915 - 14288623 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986247
GeneID130986247
locus_tag-
NCBI NameLOC130986247
原始查询LOC130986247

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835614]; symbol=AT5G55210; hit=AT5G55210; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835614]; symbol=AT5G55210; hit=AT5G55210; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G55210 (AT5G55210)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835614]
identity=38.9; qcov=1.21; evalue=1.7e-19; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986247

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765584.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765584.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765584.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765584.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057765584.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:14288031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C61
Chr5:14288065 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:14288242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr5:14288455 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 28 A16,A25,B11,B120,B126,B15,B32,B34,B42,B43,B44,B6,B60,B90,B92,C12,C14,C21,C39,C4,C40,C45,C46,C47,C55,C59,C67,D4
Chr5:14288460 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 46 A10,A11,A20,A3,A7,B100,B106,B109,B11,B110,B114,B122,B127,B14,B21,B23,B34,B45,B46,B54,B63,B67,B71,B72,B76,B77,B95,C19,C26,C31,C33,C35,C38,C41,C42,C45,C47,C49,C52,C53,C55,C65,C73,C85,C9,D8
Chr5:14288464 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 D11
Chr5:14288464 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909602.1
ATGGAAGGCGTGGGGTCCAGGCAGAGCCGGGCATCGTCGCGCTACGCCTCCGGCCCCTCCGCGCCGGTCTTCAGCGGCCGCGTCAGGAAGTGGAAGAAGCAGTGGGTCACCTCCCCCGCCGCCACCATTACCAAAGCCGGCAAACGGAACGACGCTCCGCCGCTCCTCCTCTGCCGCTGGACCCCGCTCTCCGCCGCCGACGACCCGCCCAAGCGCCGCTTCCGCTACACTCCGGTTGTTCCTATTGAAAAGGGAAAAAC...
XM_057909601.1
ATGGAAGGCGTGGGGTCCAGGCAGAGCCGGGCATCGTCGCGCTACGCCTCCGGCCCCTCCGCGCCGGTCTTCAGCGGCCGCGTCAGGAAGTGGAAGAAGCAGTGGGTCACCTCCCCCGCCGCCACCATTACCAAAGCCGGCAAACGGAACGACGCTCCGCCGCTCCTCCTCTGCCGCTGGACCCCGCTCTCCGCCGCCGACGACCCGCCCAAGCGCCGCTTCCGCTACACTCCGGTTGTTCCTATTGAAAAGGGAAAAAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986247
ATGGAAGGCGTGGGGTCCAGGCAGAGCCGGGCATCGTCGCGCTACGCCTCCGGCCCCTCCGCGCCGGTCTTCAGCGGCCGCGTCAGGAAGTGGAAGAAGCAGTGGGTCACCTCCCCCGCCGCCACCATTACCAAAGCCGGCAAACGGAACGACGCTCCGCCGCTCCTCCTCTGCCGCTGGACCCCGCTCTCCGCCGCCGACGACCCGCCCAAGCGCCGCTTCCGCTACACTCCGGTTGTTCCTATTGAAAAGGGAAAAAC...
LOC130986247
ATGGAAGGCGTGGGGTCCAGGCAGAGCCGGGCATCGTCGCGCTACGCCTCCGGCCCCTCCGCGCCGGTCTTCAGCGGCCGCGTCAGGAAGTGGAAGAAGCAGTGGGTCACCTCCCCCGCCGCCACCATTACCAAAGCCGGCAAACGGAACGACGCTCCGCCGCTCCTCCTCTGCCGCTGGACCCCGCTCTCCGCCGCCGACGACCCGCCCAAGCGCCGCTTCCGCTACACTCCGGTTGTTCCTATTGAAAAGGGAAAAAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057765584.1
MEGVGSRQSRASSRYASGPSAPVFSGRVRKWKKQWVTSPAATITKAGKRNDAPPLLLCRWTPLSAADDPPKRRFRYTPVVPIEKGKTSSVEDEGETGEKTIFSKEEAQKTKQKKIKLKTKLRILALDMSLFLRSSRKPRV
XP_057765585.1
MEGVGSRQSRASSRYASGPSAPVFSGRVRKWKKQWVTSPAATITKAGKRNDAPPLLLCRWTPLSAADDPPKRRFRYTPVVPIEKGKTSSVEDEGETGEKTIFSKEEAQEMNAEDQAEED

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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