Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001572`

染色体: Chr05 坐标: 14386774-14388688 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001572`
名称	SmilChr05G001572
描述	glucan endo-1,3-beta-glucosidase 14-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	14386774 - 14388688 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986256`
GeneID	`130986256`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986256`
原始查询	`LOC130986256`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glucan endo-1,3-beta-glucosidase 14-like
产物	glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase 14-like
Arabidopsis	`AT5G55180` (AT5G55180) O-Glycosyl hydrolases family 17 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835611] identity=69.5; qcov=0.857; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0771700` (Gns9) - identity=57.9; qcov=0.896; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00332 (Glyco_hydro_17); PF07983 (X8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986256

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	1.00000	`XP_057765593.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057765593.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057765593.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765593.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765593.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:14387372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C56
`Chr5:14387595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,C1
`Chr5:14387649`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,C42
`Chr5:14387727`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	34	A21,B101,B113,B117,B122,B123,B129,B130,B138,B22,B26,B29,B3,B37,B41,B54,B79,B98,C10,C11,C19,C24,C29,C5,C51,C56,C58,C61,C67,C75,C77,C83,C85,D4
`Chr5:14387731`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	34	A21,B101,B113,B117,B122,B123,B129,B130,B138,B22,B26,B29,B3,B37,B41,B54,B79,B98,C10,C11,C19,C24,C29,C5,C51,C56,C58,C61,C67,C75,C77,C83,C85,D4
`Chr5:14387738`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,D11
`Chr5:14387786`	`G`	`GTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	8	B101,B130,B22,B29,C10,C61,C77,C83
`Chr5:14387788`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C67
`Chr5:14387788`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C67
`Chr5:14387789`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B101,B130,B22,C10,C61,C77
`Chr5:14387828`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr5:14387862`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765593.1

517 aa

258

517

Glyco_hydro_17

PF00332 Glyco_hydro_17 85-402 aa PF07983 X8 428-499 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765593.1`	Pfam	`PF00332`	Glyco_hydro_17	Domain	85	402	2.9e-89	300.4	Glycosyl hydrolases family 17
`XP_057765593.1`	Pfam	`PF07983`	X8	Domain	428	499	1.6e-25	90.3	X8 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909610.1
AGTAAAATTAGAGCAATGATTATAAGGCGTAACCTCATAATTTACTGGTGGGGTCCCTCCCCACTACCCCCTCTCTCTAATCCCACTAACACCACTCGCTCGCGTCGCGCAATCTATATAAACACAATCAATCCCATTCTCGTATTTGTGTCCCAATTAATTCTCTCACTCTCACTCCCAAACCCAAACATGAATTGCTCCCATCTCCTGTGCTGCTTCCTTGTGGCGACCATCCAAATCCACTCCGTTGTCTCAGAGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986256
ATGATTATAAGGCGTAACCTCATAATTTACTGGTGGGGTCCCTCCCCACTACCCCCTCTCTCTAATCCCACTAACACCACTCGCTCGCGTCGCGCAATCTATATAAACACAATCAATCCCATTCTCGTATTTGTGTCCCAATTAATTCTCTCACTCTCACTCCCAAACCCAAACATGAATTGCTCCCATCTCCTGTGCTGCTTCCTTGTGGCGACCATCCAAATCCACTCCGTTGTCTCAGAGTCCGGCAGCGTGGGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765593.1
MIIRRNLIIYWWGPSPLPPLSNPTNTTRSRRAIYINTINPILVFVSQLILSLSLPNPNMNCSHLLCCFLVATIQIHSVVSESGSVGINYGRIADNLPSPAQVVQLLKAQGITKVKLYDTDSAVLTAFSGSGISLTVALPNEQLSSAAADTSFTDAWVQSNILPYHPNTTIEAIAVGNEVFVDPNNTTAFLVPAMKNVHASLANHNLSSAIKISSPLALSALHTSYPSSAGAFKPELVEPVIKPMLAFLKQTGSYLMVNAY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器